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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004063

染色体: Chr03 坐标: 59596894-59599925 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004063
名称SmilChr03G004063
描述glycine-rich protein A3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59596894 - 59599925 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014946
GeneID131014946
locus_tag-
NCBI NameLOC131014946
原始查询LOC131014946

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich protein A3-like
产物glycine-rich protein A3-like
ArabidopsisAT4G23470 (AT4G23470)
PLAC8 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828446]
identity=51.7; qcov=0.331; evalue=5.67e-06; confidence=low
RiceOs03g0819300
-
identity=51.9; qcov=0.606; evalue=5.9e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014946

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057799113.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057799113.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057799113.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057799113.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799113.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59599595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943131.1
CAGCCCAGCGGCCCCAGCCCTAATTTCAGTCCCAATCCCGCTCCCCTCTCCCCACGCCTCCCACAGTCCCATCCCACTCCCGCCTCCAGCCTACCATCCAGCGACCCAGAGGCGCGCCGGCGCCCCTCGCCCGCCCACCATCGCCCTCCCGCGCCTCCACTCGGCTGACGGCTCCCCCCTGTGCGACTGTCCCTCTTCGCGCCTCCAAGCTCCGAGCTCCGACAGCACAGCAACACTCCAGGCCTCCACCGGCCACCGCG...
XM_057943130.1
AAAAATATTTGGACAAATCTTTATGTTTATTTTCAACTAGCATTAGCAACTAATGAAACTATGATAGGACAAAAATCTTATCCAGATGAGAATATTGAAATACAGAAAGTCAATAGAAAAGCAGACCAAATGCGGACGTGTCAGTGTCAAGAAATATCTATAGAAACACGTCATCAACGCGTCTAAGTAACGCGTAGAATCGAATTTAATTTACCCTCTAAATTAAAAGTTTGTTATCCTGTTGCTATAAACGTCCACAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014946
ATGGGAGGTGGAAAGGACAAACATGATGAAACTGACAAAGGGCTATTCTCTCACGGGCATTATCCCCCACAGGGGTCGCACGGATACCCACCGGGGCAGTACCCACCAGCACCTGGAGGGTACCCTCCACAAGGAGGGTATCCTCCAGCGGGATATCCTCCACAGCAAGGCTATCCCCCTGCTGGCTACCCACCAGCTGGTGGCTATCCCCCGCAACATGGCTATCCTCCAGCGGGTTATCCTGGTCAACATCACTCAGG...
LOC131014946
ATGGGAGGTGGAAAGGACAAACATGATGAAACTGACAAAGGGCTATTCTCTCACGGGCATTATCCCCCACAGGGGTCGCACGGATACCCACCGGGGCAGTACCCACCAGCACCTGGAGGGTACCCTCCACAAGGAGGGTATCCTCCAGCGGGATATCCTCCACAGCAAGGCTATCCCCCTGCTGGCTACCCACCAGCTGGTGGCTATCCCCCGCAACATGGCTATCCTCCAGCGGGTTATCCTGGTCAACATCACTCAGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057799113.1
MGGGKDKHDETDKGLFSHGHYPPQGSHGYPPGQYPPAPGGYPPQGGYPPAGYPPQQGYPPAGYPPAGGYPPQHGYPPAGYPGQHHSGGGSSIGGLLAGGAAAAAAAYGASHLAHGAHGSHGMPGAHGAYGVGHGMGGGHYGHGKMKHGKFKHGKHGKFGKHGKHKGGKGMFKKWK
XP_057799114.1
MGGGKDKHDETDKGLFSHGHYPPQGSHGYPPGQYPPAPGGYPPQGGYPPAGYPPQQGYPPAGYPPAGGYPPQHGYPPAGYPGQHHSGGGSSIGGLLAGGAAAAAAAYGASHLAHGAHGSHGMPGAHGAYGVGHGMGGGHYGHGKMKHGKFKHGKHGKFGKHGKHKGGKGMFKKWK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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