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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004056

染色体: Chr03 坐标: 59517572-59518509 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004056
名称SmilChr03G004056
描述kirola-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向59517572 - 59518509 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014948
GeneID131014948
locus_tag-
NCBI NameLOC131014948
原始查询LOC131014948

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kirola-like
产物kirola-like
ArabidopsisAT1G70850 (MLP34)
MLP-like protein 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843422]
identity=40; qcov=0.967; evalue=1.35e-30; confidence=medium
RiceOs04g0465600
-
identity=22.8; qcov=0.82; evalue=2.81e-07; confidence=weak
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00407 (Bet_v_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014948

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057799117.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057799117.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799117.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799117.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799117.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:59518202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr3:59518221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B42,B50,C23,C82
Chr3:59518223 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B36
Chr3:59518223 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B36
Chr3:59518307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C84
Chr3:59518310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799117.1
150 aa
N
1
75
150
Bet_v_1
C
PF00407 Bet_v_1 3-143 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799117.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 3 143 1.1e-32 113.7 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943134.1
GTTCTCCTTTCTTATTTTAAATAAAAAAAATTATTTGAACCTCTCCCTATATATATTATATAGGGGGTTGGTTATAGCCGAAATGAAATCATTGTTGTGAAGTAGTAACTAGTAGCAGATTGAGAGATGGGTAAGCTTGCATCACAAACAAGAATCAAGTGGGAAGGAGATCTGTTTCACCTATTTCTCTTCCCCTATCAATTCTCAGAAATCGCTCCTCAAGTAGTTCACTCTGTTGATCTCTTGGCTGGCTCTTGGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014948
ATGGGTAAGCTTGCATCACAAACAAGAATCAAGTGGGAAGGAGATCTGTTTCACCTATTTCTCTTCCCCTATCAATTCTCAGAAATCGCTCCTCAAGTAGTTCACTCTGTTGATCTCTTGGCTGGCTCTTGGGGCACTGTTGGTTCCATCATTTCATGGACATACATGTTTGGTGGAGCAAAGTGCGTTGCGAAAGAGAGAATCGAAGCGATCGACATGAAGAAGAAATCGATAACGTTTAAGGTGATTGAAGGAGATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799117.1
MGKLASQTRIKWEGDLFHLFLFPYQFSEIAPQVVHSVDLLAGSWGTVGSIISWTYMFGGAKCVAKERIEAIDMKKKSITFKVIEGDLLKLYSEFKIICEMESDGDGEDKVYKCALEYEKRSDEAPEPTVFMDFLLNFMKDIERSRRLVPN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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