当前解析结果
SmilChr03G004056| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004056 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004056 |
| 描述 | kirola-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 59517572 - 59518509 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014948 |
|---|---|
| GeneID | 131014948 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014948 |
| 原始查询 | LOC131014948 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | kirola-like |
| 产物 | kirola-like |
| Arabidopsis | AT1G70850 (MLP34)MLP-like protein 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843422] identity=40; qcov=0.967; evalue=1.35e-30; confidence=medium |
| Rice | Os04g0465600- identity=22.8; qcov=0.82; evalue=2.81e-07; confidence=weak |
| GO | GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00407 (Bet_v_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014948 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057799117.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057799117.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799117.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799117.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799117.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:59518202 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr3:59518221 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B42,B50,C23,C82 |
Chr3:59518223 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B36 |
Chr3:59518223 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr3:59518307 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A9,C84 |
Chr3:59518310 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A9,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799117.1PF00407
Bet_v_1 3-143 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799117.1 |
Pfam | PF00407 |
Bet_v_1 | Domain | 3 | 143 | 1.1e-32 | 113.7 | Pathogenesis-related protein Bet v 1 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。