Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004111`

染色体: Chr03 坐标: 60004001-60015907 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004111`
名称	SmilChr03G004111
描述	protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60004001 - 60015907 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014978`
GeneID	`131014978`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014978`
原始查询	`LOC131014978`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 1, chloroplastic-like
产物	protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 1%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT4G31390` (ACDO1) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829266] identity=79.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0216300` - identity=84.5; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF03109 (ABC1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014978

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057799138.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057799138.1`
3	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057799138.1`
4	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057799138.1`
5	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057799138.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60005962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,B34
`Chr3:60006122`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B50,C64,C66
`Chr3:60006648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B48,B49,C69
`Chr3:60006668`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B83,B91,C42,C60
`Chr3:60006686`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr3:60008054`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B87,C21,C70,D1
`Chr3:60008263`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B87,C21,D1
`Chr3:60008348`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr3:60014421`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,C2,C23
`Chr3:60014464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,B68
`Chr3:60014869`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B48,C18,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799138.1

661 aa

330

661

ABC1

PF03109 ABC1 181-425 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799138.1`	Pfam	`PF03109`	ABC1	Domain	181	425	1.9e-73	247.3	ABC1 atypical kinase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943155.1
AAAATAAATTATTTTAGCTTGATACTTAATTACAAGAATCGATATCCAAAAACTATAGCTACATTGCTCTACTTCATTGCTACATATCCTGATGAATACTTATTCATCATCCAAATTAATTCAATTCTCCATCAAGAAATCAATATGTGTTCCTCCAAATCAAAATTGCAGCAGCAGGAGCCTAATCACGCCCCTCTCTTAGAAAGGCGCAACATATAACAAATTAAAATAAGAGAATATACACAATTAGAAAAATTAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014978
ATGGAGTTGGTCTGCTCAAATTGTGCACACATTTCATCATCGTTGCTGCCGCCGGCGATTGGTTATTCAAAGAGCCAGCTGAATTATGTGAAGTTGAACCGGAAGTCTTCATCGTCTAAAGATAGAAGCAGAAGGCGGGCGGCCGTTCGAGCTCAGAAGAGCGATTCGTTGGTACAAGTCGATAAGCTCCTCGGCACAAGCAGTAACAGCGCGCAGGACCAGCTCGATATTGAACGTGGTGTTTGTGTTCCCTTCCGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799138.1
MELVCSNCAHISSSLLPPAIGYSKSQLNYVKLNRKSSSSKDRSRRRAAVRAQKSDSLVQVDKLLGTSSNSAQDQLDIERGVCVPFRKYTPQSVRNKVLESRGAILSLIGRGVEIVWNLGFYWSTLWYDFLVGRDEEVVPFRARQLRNLLCDLGPSFIKAGQVLANRPDIIREDYMNELCILQDDVPPFPNQVAFDIIEEELGQPLEAVFSKISSQTIAAASLGQVYRATLRSSGEDVAIKVQRPEIEPIIYRDLFLFRTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器