当前解析结果
SmilChr03G004115| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004115 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004115 |
| 描述 | guanine nucleotide-binding protein subunit gamma 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 60053573 - 60054710 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014984 |
|---|---|
| GeneID | 131014984 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014984 |
| 原始查询 | LOC131014984 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | guanine nucleotide-binding protein subunit gamma 2-like |
| 产物 | guanine nucleotide-binding protein subunit gamma 2-like |
| Arabidopsis | AT3G63420 (GG1)Ggamma-subunit 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825517] identity=34.1; qcov=0.895; evalue=7.87e-10; confidence=low |
| Rice | Os02g0137800 (RGG2)- identity=43.2; qcov=0.853; evalue=5.01e-15; confidence=low |
| GO | GO:0007186 (G protein-coupled receptor signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00631 (G-gamma) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014984 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057799147.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057799146.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057799146.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799146.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799146.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:60053797 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | D11 |
Chr3:60053797 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:60053807 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A9 |
Chr3:60053807 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A9 |
Chr3:60053810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A9 |
Chr3:60054465 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr3:60054470 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr3:60054507 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,C44,C48,C56 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799146.1PF00631
G-gamma 45-99 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799146.1 |
Pfam | PF00631 |
G-gamma | Domain | 45 | 99 | 1.8e-06 | 28.6 | GGL domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。