Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004127`

染色体: Chr03 坐标: 60102184-60105719 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004127`
名称	SmilChr03G004127
描述	ABC transporter I family member 6, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60102184 - 60105719 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014996`
GeneID	`131014996`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014996`
原始查询	`LOC131014996`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ABC transporter I family member 6, chloroplastic
产物	ABC transporter I family member 6%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G10670` (NAP7) non-intrinsic ABC protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820236] identity=82.2; qcov=0.84; evalue=5.93e-150; confidence=high
Rice	`Os03g0332700` (OsABCI3_1) - identity=65.6; qcov=0.84; evalue=1.94e-120; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG	-
Pfam	PF00005 (ABC_tran)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014996

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057799161.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057799161.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799161.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799161.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799161.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60103643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B50,B64,B65,C50
`Chr3:60103662`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr3:60103745`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B64,C15,C40,C47,C84
`Chr3:60104306`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr3:60104345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B29,B37,B54,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799161.1

294 aa

147

294

ABC_tran

PF00005 ABC_tran 66-220 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799161.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	66	220	3.7e-19	70.4	ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943178.1
AGGGAGACTATAAAAGCCCTGCGAAAATCAAATAACAATTGGGACTACAGAATTCTAAAACTGCGTTGTAATCGGAAAATCTATCGTCAAAATGGCGATGGCTCTCTTCTCTCCGACCTTTTCTTTCAGAATCTCCACATCCGCTCCTCAACGCCGCCGCCGCCGTTGTTTTGTGCAGTCCTCTCAGGCCACCGTCGCCATCGAGGCCCCTTCATCCTCGACCACTGACCTACTGCTTCAAGTCAAAGACCTCTCTGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014996
ATGGCGATGGCTCTCTTCTCTCCGACCTTTTCTTTCAGAATCTCCACATCCGCTCCTCAACGCCGCCGCCGCCGTTGTTTTGTGCAGTCCTCTCAGGCCACCGTCGCCATCGAGGCCCCTTCATCCTCGACCACTGACCTACTGCTTCAAGTCAAAGACCTCTCTGCCGTCATCGCCGAGTCCAAGCAGACTATTCTCAAAGGCGTTAATCTTACCGTCCGTCACGGAGAGGTTCATGCTGTGATGGGGAAGAACGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799161.1
MAMALFSPTFSFRISTSAPQRRRRRCFVQSSQATVAIEAPSSSTTDLLLQVKDLSAVIAESKQTILKGVNLTVRHGEVHAVMGKNGSGKSTFAKVLAGHPDYEVTGGSIMYKGLDLLEMEPEERAIAGLFMSFQSPVEIPGVSNIDFLNMAYNARRRKLGLPELGPIEFYGYVAPKLELVNMKTDFLNRNVNEGFSGGEKKRNEILQLAVLGAEFAILDEIDSGLDVDALQDVAKAVNGVLTSKNSVLMITHYLRLLEFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器