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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004131

染色体: Chr03 坐标: 60144993-60155269 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004131
名称SmilChr03G004131
描述uncharacterized SmilChr03G004131
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60144993 - 60155269 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015001
GeneID131015001
locus_tag-
NCBI NameLOC131015001
原始查询LOC131015001

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC1 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832550]; symbol=AT5G24810; hit=AT5G24810; species=arabidopsis; confidence=high
产物ABC1 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832550]; symbol=AT5G24810; hit=AT5G24810; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G24810 (AT5G24810)
ABC1 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832550]
identity=67; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0701300 (OsSBeL1)
-
identity=74.1; qcov=0.561; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005794 (Golgi apparatus)
KEGG-
PfamPF00144 (Beta-lactamase); PF03109 (ABC1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015001

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 0.60000 XP_057799174.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057799176.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057799174.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057799174.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057799176.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60147054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,A23,B9,C54
Chr3:60148065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C60
Chr3:60148871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C60
Chr3:60149135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr3:60150129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr3:60150842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr3:60150843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr3:60150888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B90,B92
Chr3:60151447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B90,B92
Chr3:60151471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B84,C5
Chr3:60152704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B90,B92
Chr3:60153037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C63,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799174.1
952 aa
N
1
476
952
ABC1
Beta-lactamase
C
PF03109 ABC1 89-338 aa PF00144 Beta-lactamase 480-761 aa
XP_057799175.1
952 aa
N
1
476
952
ABC1
Beta-lactamase
C
PF03109 ABC1 89-338 aa PF00144 Beta-lactamase 480-761 aa
XP_057799176.1
839 aa
N
1
420
839
ABC1
Beta-lactamase
C
PF03109 ABC1 2-225 aa PF00144 Beta-lactamase 367-648 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799174.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 89 338 7.2e-66 222.6 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057799174.1 Pfam PF00144 Beta-lactamase Domain 480 761 4.1e-46 158.4 Beta-lactamase
XP_057799175.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 89 338 7.2e-66 222.6 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057799175.1 Pfam PF00144 Beta-lactamase Domain 480 761 4.1e-46 158.4 Beta-lactamase
XP_057799176.1 Pfam PF03109 ABC1 Domain 2 225 1.6e-59 201.8 ABC1 atypical kinase-like domain
XP_057799176.1 Pfam PF00144 Beta-lactamase Domain 367 648 2.7e-46 159.0 Beta-lactamase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943191.1
TAATAGGGGTATATAGGTGTGGACAAGGGAAAAGAGAGCAAATAGGAAAACGACGTTTTGGAAAGCCGTTACGCCATGGGTGACATCAAAATATCACTATAATCACCAAATATACGGACCGGAATACTACTACCGACCAAATGCGTCGACCATAAAGCAAAGTCCAAATTCGAGAATTTTCATTTTCTACGGCGGCGCTCAACCACCACTACCACCGCCGATCATTTCGAGGAGACTTGGATTTTTTTCTCGCCGCCTCA...
XM_057943192.1
GACGTTTTGGAAAGCCGTTACGCCATGGGTGACATCAAAATATCACTATAATCACCAAATATACGGACCGGAATACTACTACCGACCAAATGCGTCGACCATAAAGCAAAGTCCAAATTCGAGAATTTTCATTTTCTACGGCGGCGCTCAACCACCACTACCACCGCCGATCATTTCGAGGAGACTTGGATTTTTTTCTCGCCGCCTCATTTTGCTCTTGAATTATCAGGTACACAGTTGTGAAAAGACCTGCTTCTAAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015001
ATGGGATGGGGAAGCATCTACAAGAGACGTGTGAAAGTTTTCACGCTAGCTATTGTAGTCTACCTGGATTATAAGGCCCTGCAAGTGAGAGAGAAATGGACGAAGAGTTCAAAGAGGGATGAGCTTTGGGAGAAGGCTCATGAATGTAATGCTAAGCGTGTTCTTAAATTGATAGTTGAGCTGGAAGGCTTATGGGTGAAACTAGGACAGTACCTATCTACACGAGCCGACGTGCTTCCCCCAGCCTATATACGCCATCT...
LOC131015001
ATGGGATGGGGAAGCATCTACAAGAGACGTGTGAAAGTTTTCACGCTAGCTATTGTAGTCTACCTGGATTATAAGGCCCTGCAAGTGAGAGAGAAATGGACGAAGAGTTCAAAGAGGGATGAGCTTTGGGAGAAGGCTCATGAATGTAATGCTAAGCGTGTTCTTAAATTGATAGTTGAGCTGGAAGGCTTATGGGTGAAACTAGGACAGTACCTATCTACACGAGCCGACGTGCTTCCCCCAGCCTATATACGCCATCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057799174.1
MGWGSIYKRRVKVFTLAIVVYLDYKALQVREKWTKSSKRDELWEKAHECNAKRVLKLIVELEGLWVKLGQYLSTRADVLPPAYIRHLQQLQDSLPPRLVEEVCQTINRELGKSMDDLFLNFDNIPLATASIAQVHRATLRDGQDVVVKVQHEGIKEIILEDLKNAKAIVDWIAWAEPQYDFNPMIDEWCKEAPKELDFNIEAENTRKVSRNLGCKSNSDDNDINRVDVLIPEIIMSTEKVLILEYMDGVRLNDSVSLQEM...
XP_057799175.1
MGWGSIYKRRVKVFTLAIVVYLDYKALQVREKWTKSSKRDELWEKAHECNAKRVLKLIVELEGLWVKLGQYLSTRADVLPPAYIRHLQQLQDSLPPRLVEEVCQTINRELGKSMDDLFLNFDNIPLATASIAQVHRATLRDGQDVVVKVQHEGIKEIILEDLKNAKAIVDWIAWAEPQYDFNPMIDEWCKEAPKELDFNIEAENTRKVSRNLGCKSNSDDNDINRVDVLIPEIIMSTEKVLILEYMDGVRLNDSVSLQEM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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