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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004149

染色体: Chr03 坐标: 60297400-60304823 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004149
名称SmilChr03G004149
描述glutamate receptor 2.1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60297400 - 60304823 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015017
GeneID131015017
locus_tag-
NCBI NameLOC131015017
原始查询LOC131015017

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutamate receptor 2.1-like
产物glutamate receptor 2.1-like
ArabidopsisAT5G27100 (GLR2.1)
glutamate receptor 2.1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832768]
identity=55; qcov=0.966; evalue=1.57e-37; confidence=medium
RiceOs09g0429200 (OsGLR2.2)
-
identity=50.4; qcov=0.931; evalue=2.89e-31; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF01094 (ANF_receptor); PF13458 (Peripla_BP_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015017

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057799194.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057799195.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057799194.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799194.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799194.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60297520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr3:60297589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B45,B88,D10,D11
Chr3:60299250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B50,C13,C27
Chr3:60299276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:60304178 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 12 B140,B53,B61,B63,B64,B72,B89,B99,C10,C14,C17,C22
Chr3:60304218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B100,B17,C38
Chr3:60304228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B31,C27,C34,C79
Chr3:60304241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,C27,C34,C79,C80
Chr3:60304243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C15,D11,D4
Chr3:60304255 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B27,B36,C50,C59
Chr3:60304255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B36,C50,C59
Chr3:60304268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B8,C19,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799195.1
145 aa
N
1
72
145
Peripla_BP_6
ANF_receptor
C
PF13458 Peripla_BP_6 30-130 aa PF01094 ANF_receptor 50-140 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799195.1 Pfam PF13458 Peripla_BP_6 Family 30 130 4.1e-08 34.0 Periplasmic binding protein
XP_057799195.1 Pfam PF01094 ANF_receptor Domain 50 140 1.2e-19 71.3 Receptor family ligand binding region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943211.1
ATGAAGTTGGAGGCTCCTCTTGTTGTTTTGGTTCTCTTCTTGAACACTTTGTCCATGAATAGCGCCACGGCGCAGAGCACGCCTTTCCCTGTGAGGGTTGGAGTGGTGCTAGACATGGACGATTATGTCGGAAAAATGGGGTTGAGCTGCATCACAATGGCGCTCTCGGATTTCTACACCAGAAATGGCCACTACCAGACTCGGCTGGTTCTCAACGAGAGGGACTCCAAGAGAGATGTTGTTGGGGCAGCTGCTGCAGT...
XM_057943212.1
ATGAAGTTGGAGGCTCCTCTTGTTGTTTTGGTTCTCTTCTTGAACACTTTGTCCATGAATAGCGCCACGGCGCAGAGCACGCCTTTCCCTGTGAGGGTTGGAGTGGTGCTAGACATGGACGATTATGTCGGAAAAATGGGGTTGAGCTGCATCACAATGGCGCTCTCGGATTTCTACACCAGAAATGGCCACTACCAGACTCGGCTGGTTCTCAACGAGAGGGACTCCAAGAGAGATGTTGTTGGGGCAGCTGCTGCAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131015017
ATGAAGTTGGAGGCTCCTCTTGTTGTTTTGGTTCTCTTCTTGAACACTTTGTCCATGAATAGCGCCACGGCGCAGAGCACGCCTTTCCCTGTGAGGGTTGGAGTGGTGCTAGACATGGACGATTATGTCGGAAAAATGGGGTTGAGCTGCATCACAATGGCGCTCTCGGATTTCTACACCAGAAATGGCCACTACCAGACTCGGCTGGTTCTCAACGAGAGGGACTCCAAGAGAGATGTTGTTGGGGCAGCTGCTGCAGT...
LOC131015017
ATGAAGTTGGAGGCTCCTCTTGTTGTTTTGGTTCTCTTCTTGAACACTTTGTCCATGAATAGCGCCACGGCGCAGAGCACGCCTTTCCCTGTGAGGGTTGGAGTGGTGCTAGACATGGACGATTATGTCGGAAAAATGGGGTTGAGCTGCATCACAATGGCGCTCTCGGATTTCTACACCAGAAATGGCCACTACCAGACTCGGCTGGTTCTCAACGAGAGGGACTCCAAGAGAGATGTTGTTGGGGCAGCTGCTGCAGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057799194.1
MKLEAPLVVLVLFLNTLSMNSATAQSTPFPVRVGVVLDMDDYVGKMGLSCITMALSDFYTRNGHYQTRLVLNERDSKRDVVGAAAAVGIGKIRDKIERESLPAAASPEAHGRNGRWPSRRGDGDRRRWERRRSTADRSRARQCGARQGGQGLAVVPPRGLQREVVVIGGD
XP_057799195.1
MKLEAPLVVLVLFLNTLSMNSATAQSTPFPVRVGVVLDMDDYVGKMGLSCITMALSDFYTRNGHYQTRLVLNERDSKRDVVGAAAAALDLLKNVEVQAIIGPSSSMQANFMINLGNKSQVPIITFSATSPSLLSIQSHYAKNAHT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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