Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004151`

染色体: Chr03 坐标: 60320193-60328061 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004151`
名称	SmilChr03G004151
描述	glutamate receptor 2.7-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60320193 - 60328061 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015020`
GeneID	`131015020`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015020`
原始查询	`LOC131015020`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutamate receptor 2.7-like
产物	glutamate receptor 2.7-like
Arabidopsis	`AT2G29120` (GLR2.7) glutamate receptor 2.7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817460] identity=52.4; qcov=0.937; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0429000` (OsGLR2.1) - identity=47.3; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004970 (glutamate-gated receptor activity); GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF00060 (Lig_chan); PF00497 (SBP_bac_3); PF01094 (ANF_receptor); PF10613 (Lig_chan-Glu_bd); PF13458 (Peripla_BP_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015020

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057799198.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799198.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799198.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799198.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799198.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60320301`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,A23,B127,C54,C66
`Chr3:60320303`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,A23,B127,C54,C66
`Chr3:60320307`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,A23,B127,C54,C66
`Chr3:60320381`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr3:60325102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D11
`Chr3:60325102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:60325128`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	71	A1,A10,A11,A14,A15,A21,A4,B10,B101,B105,B107,B109,B113,B117,B120,B122,B125,B126,B129,B13,B130,B134,B135,B136,B139,B16,B18,B20,B21,B24,B27,B28,B29,B3,B33,B40,B44,B49,B54,B56,B57,B59,B60,B64,B7,B70,B75,B83,B84,B85,B95,B96,B97,C16,C17,C18,C23,C45,C47,C5,C55,C58,C6,C60,C71,C72,C84,D10,D11,D4,D9
`Chr3:60325138`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	71	A1,A10,A11,A14,A15,A21,A4,B10,B101,B105,B107,B109,B113,B117,B120,B122,B125,B126,B129,B13,B130,B134,B135,B136,B139,B16,B18,B20,B21,B24,B27,B28,B29,B3,B33,B40,B44,B49,B54,B56,B57,B59,B60,B64,B7,B70,B75,B83,B84,B85,B95,B96,B97,C16,C17,C18,C23,C45,C47,C5,C55,C58,C6,C60,C71,C72,C84,D10,D11,D4,D9
`Chr3:60325173`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,C30
`Chr3:60325182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B9,C30,C54
`Chr3:60325335`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A11,A4,B105,B113,B120,B134,B16,B70,B95,C17,C38,C50,C6,D4,D9
`Chr3:60325392`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799198.1

935 aa

468

935

Peripla_BP_6

ANF_receptor

Lig_chan-Glu_bd

SBP_bac_3

Lig_chan

PF13458 Peripla_BP_6 30-381 aa PF01094 ANF_receptor 50-401 aa PF10613 Lig_chan-Glu_bd 479-570 aa PF00497 SBP_bac_3 523-809 aa PF00060 Lig_chan 587-841 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799198.1`	Pfam	`PF13458`	Peripla_BP_6	Family	30	381	3.3e-18	67.2	Periplasmic binding protein
`XP_057799198.1`	Pfam	`PF01094`	ANF_receptor	Domain	50	401	2.8e-82	277.3	Receptor family ligand binding region
`XP_057799198.1`	Pfam	`PF10613`	Lig_chan-Glu_bd	Domain	479	570	5.2e-09	36.9	Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
`XP_057799198.1`	Pfam	`PF00497`	SBP_bac_3	Domain	523	809	5.1e-09	36.7	Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
`XP_057799198.1`	Pfam	`PF00060`	Lig_chan	Family	587	841	1.4e-37	129.5	Ligand-gated ion channel

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943215.1
GTGCCCAAAATAATCATCAACTCATGAATTTTGAGAGCTGAACAAGATGAAGTTGGAGGCTCCTCTTGTTGTTTTGGTTCTCTTCTTGAACACTTTGTCCATGAATAGCGCTACGGCGCAGAGCACACCTTTCCCTGTGAGAGTTGGAGTGGTGCTAGACATGGACGATTATGTCGGAAAAATGGGGTCCACCTGCATCACAATGGCGCTCTCGGATTTCTACACCAGAAATGGCCACTACCAGACTAGGCTGCTTCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015020
ATGAAGTTGGAGGCTCCTCTTGTTGTTTTGGTTCTCTTCTTGAACACTTTGTCCATGAATAGCGCTACGGCGCAGAGCACACCTTTCCCTGTGAGAGTTGGAGTGGTGCTAGACATGGACGATTATGTCGGAAAAATGGGGTCCACCTGCATCACAATGGCGCTCTCGGATTTCTACACCAGAAATGGCCACTACCAGACTAGGCTGCTTCTCAACAAGAGGCACTCCAGGAGAGATGTTGTTGGGGCAGCTGCTGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799198.1
MKLEAPLVVLVLFLNTLSMNSATAQSTPFPVRVGVVLDMDDYVGKMGSTCITMALSDFYTRNGHYQTRLLLNKRHSRRDVVGAAAAALDLLKNVEVQAIIGPSSSMQANFMINLGNKSQVPIITFSATSPSLLSIQSPYFVRATLSDSSQVKAIAAIVQAYGWREVVPIYVDNEFGQGIMPFLADALEQVNVHIPYRSVIPAFATDERIDAELSKLMTYQTRVFIVHMRTALGSRLFTKAKLLGMMSEDYVWIITEGMTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器