当前解析结果
SmilChr01G002285| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002285 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002285 |
| 描述 | plastoglobulin-1, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 39657096 - 39661995 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015036 |
|---|---|
| GeneID | 131015036 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015036 |
| 原始查询 | LOC131015036 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | plastoglobulin-1, chloroplastic |
| 产物 | plastoglobulin-1%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT2G35490 (AT2G35490)Plastid-lipid associated protein PAP / fibrillin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818114] identity=64; qcov=0.871; evalue=1.33e-121; confidence=high |
| Rice | Os10g0575700 (PAP3)- identity=62.3; qcov=0.889; evalue=2.5e-108; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04755 (PAP_fibrillin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015036 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057799215.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057799215.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.20000 | XP_057799215.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799215.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799215.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:39657414 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,B77 |
Chr1:39657582 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
Chr1:39657632 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B12,B121,B13,B2 |
Chr1:39660291 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr1:39660294 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B32,B48,C15,D5 |
Chr1:39661748 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799215.1PF04755
PAP_fibrillin 102-316 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799215.1 |
Pfam | PF04755 |
PAP_fibrillin | Family | 102 | 316 | 2e-69 | 234.3 | PAP_fibrillin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。