Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004166`

染色体: Chr03 坐标: 60423021-60429410 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004166`
名称	SmilChr03G004166
描述	ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 18-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60423021 - 60429410 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015037`
GeneID	`131015037`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015037`
原始查询	`LOC131015037`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 18-like
产物	ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 18-like
Arabidopsis	`AT2G24640` (UBP19) ubiquitin-specific protease 19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817000] identity=61.2; qcov=0.658; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0654000` - identity=64.1; qcov=0.531; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0016579 (protein deubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF00443 (UCH); PF01753 (zf-MYND); PF13423 (UCH_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015037

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057799212.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799212.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799212.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799212.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057799212.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60423413`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C18
`Chr3:60423413`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C18
`Chr3:60423416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr3:60425137`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,A3,B57,C34,C8
`Chr3:60426223`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,C33
`Chr3:60426232`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B39,C77
`Chr3:60426283`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B108,C23,C78
`Chr3:60427467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,B85,C44
`Chr3:60427474`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B125
`Chr3:60427600`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,C32,C68
`Chr3:60428012`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,B85,C44
`Chr3:60428033`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B9,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799212.1

802 aa

401

802

zf-MYND

UCH

UCH_1

PF01753 zf-MYND 74-111 aa PF00443 UCH 173-476 aa PF13423 UCH_1 174-458 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799212.1`	Pfam	`PF01753`	zf-MYND	Domain	74	111	8.1e-09	36.1	MYND finger
`XP_057799212.1`	Pfam	`PF00443`	UCH	Family	173	476	5.3e-54	184.2	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
`XP_057799212.1`	Pfam	`PF13423`	UCH_1	Domain	174	458	2.5e-20	74.1	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943229.1
AAACCTCACTAACAAGAAACCAAAAATCTGTACTAATTTAATTTTACTATTAAAGGTTTTGTTAATAAAAAGTCTGGAATTATTGCAGAGAATAGAATAGAACAGAACCAATAAATTACAAACTACAGAAAACATGGAAATATTACGTTAACCAATTGAATCTCCCCCCTTCCCCCACAGAAACCCTAAATCCCAGTAATTTAATTAATGATATCTAAAATCAGATCAGAACATCGTGAGGAAATTTCAGATTGTAAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015037
ATGCATGTCGCGGCGGATCTTAACTGGTTCCTGCAATTCATAGTGTTGGCGTTAGTTGGGATTTTCGGGCTGCTGTATTTGGTGCGGAACACAGCGTCGAGGTACTTCGTGGTGGACTCCAATTTCGATTCCTCCGCCGCCGATTATTCGTCCTTGGATCGCCGGAAGAGGGACAGTATGTCGGAGGCCGCCGGTGGCGCTGCCGAGGGTTTTGATTCCTGCGCCGTGTGCGGCCATCTGACGAAGAAGCAGTGCGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799212.1
MHVAADLNWFLQFIVLALVGIFGLLYLVRNTASRYFVVDSNFDSSAADYSSLDRRKRDSMSEAAGGAAEGFDSCAVCGHLTKKQCAGCKMVKYCSEACQKSHWTSEHKTRCKEMKSLYKANYTIPKSTLRGRIASVAPLGGSSKIYKPSNKILFPYEEFLEFFTWDKPGYPPCGLLNCGNSCFANVVLQCLAYTRPLVAYLLEKGHRRECQRNDWCFLCEFQLHMERASRSANPFSPMNILSRLPNIGGNLGYGKQEDAH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器