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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004168

染色体: Chr03 坐标: 60438161-60439717 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004168
名称SmilChr03G004168
描述fasciclin-like arabinogalactan protein 3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向60438161 - 60439717 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015039
GeneID131015039
locus_tag-
NCBI NameLOC131015039
原始查询LOC131015039

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述fasciclin-like arabinogalactan protein 3
产物fasciclin-like arabinogalactan protein 3
ArabidopsisAT3G12660 (FLA14)
FASCICLIN-like arabinogalactan protein 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820446]
identity=42.3; qcov=0.593; evalue=1.46e-35; confidence=medium
RiceOs02g0461500 (OsFLA20)
-
identity=38.2; qcov=0.755; evalue=3.94e-42; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015039

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057799214.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057799214.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799214.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799214.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799214.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:60438622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:60438635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B112,B74
Chr3:60438660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B112,B74
Chr3:60438670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B74
Chr3:60438692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B74
Chr3:60438762 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr3:60438863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B49,B85,B97,C55
Chr3:60438873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:60438883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B74,C64,C66
Chr3:60438899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B112,B74
Chr3:60438921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr3:60438924 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B20,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943231.1
ACATGCATGCATGGCTATACATCCAATTCTCCACAATAATAGCCTTCATGCTATCAAGGCCATCCAAACTCCCACCTCTCTCTCACTCCCTCACTTCACTCTCTCTCTCTCTACATATATATACACACACCCCTGTGTATCGACATGATGAGTGCAACTCGGAATTAATCACCACCCACATTAATTCCTCCAATTCGGCCACCTCGATTAATTTTCCTTCTCATCAAGGACAAAATCACACAAAAATGAGCCCCTCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015039
ATGCATGCATGGCTATACATCCAATTCTCCACAATAATAGCCTTCATGCTATCAAGGCCATCCAAACTCCCACCTCTCTCTCACTCCCTCACTTCACTCTCTCTCTCTCTACATATATATACACACACCCCTGTGTATCGACATGATGAGTGCAACTCGGAATTAATCACCACCCACATTAATTCCTCCAATTCGGCCACCTCGATTAATTTTCCTTCTCATCAAGGACAAAATCACACAAAAATGAGCCCCTCCGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799214.1
MHAWLYIQFSTIIAFMLSRPSKLPPLSHSLTSLSLSLHIYTHTPVYRHDECNSELITTHINSSNSATSINFPSHQGQNHTKMSPSAGRRVLLIAAAVLLSSATTASAVKISILLGRFPGFEQFNQLLSSTHLAEEVDRHSGGITVLGLPNGRLGTLMQLPEEVQRSILSLHIILDYYDMAKLTKLPPGNKTTLTTLYQSSGVATGQQGFIDVVRRHDGTIVFGSAVPGSPQLTNFINPVVAQPFNISILSVSQPIIVAEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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