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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002288`

染色体: Chr01 坐标: 39675208-39682002 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002288`
名称	SmilChr01G002288
描述	lysine-specific demethylase JMJ13-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	39675208 - 39682002 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015069`
GeneID	`131015069`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015069`
原始查询	`LOC131015069`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lysine-specific demethylase JMJ13-like
产物	lysine-specific demethylase JMJ13-like
Arabidopsis	`AT5G46910` (AT5G46910) Transcription factor jumonji (jmj) family protein / zinc finger (C5HC2 type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834736] identity=58.3; qcov=0.876; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0577600` (JMJ706) - identity=51; qcov=0.904; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0006338 (chromatin remodeling); GO:0032452 (histone demethylase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02373 (JmjC); PF02375 (JmjN); PF02928 (zf-C5HC2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015069

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057799265.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057799265.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799265.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799265.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799265.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:39676730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B33,B93,D11
`Chr1:39677585`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,A21,B130,B54
`Chr1:39677653`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,A9,B100,B61,B65
`Chr1:39680153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr1:39680225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr1:39680348`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C59
`Chr1:39680348`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C59
`Chr1:39680358`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C40
`Chr1:39680358`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C40
`Chr1:39680381`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799265.1

850 aa

425

850

JmjN

JmjC

zf-C5HC2

PF02375 JmjN 100-132 aa PF02373 JmjC 276-399 aa PF02928 zf-C5HC2 496-545 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799265.1`	Pfam	`PF02375`	JmjN	Family	100	132	1.4e-15	57.5	jmjN domain
`XP_057799265.1`	Pfam	`PF02373`	JmjC	Domain	276	399	3.9e-39	134.4	JmjC domain, hydroxylase
`XP_057799265.1`	Pfam	`PF02928`	zf-C5HC2	Domain	496	545	2.5e-06	28.4	C5HC2 zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943282.1
CTAATTTATCTTATCCGCTGTAATTAAATTAAGACTTTTTTTTTTGTTTATAGATTTAATTATGACGTTTTAAAGAGAAAGTATATATTGAAACTATAAATTATCCTCTCCTTTTCTCTTTTACGGTTTCCAAACCCCCATACTTTTGACAAGATTCCATCTACTGTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATACTTACAAAACGCGGTAGTGCTTGTCTCTACACCCGCCGGAAAACCACTCTTTCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015069
ATGGTGGAAGGAAAGGTTTGTATGTCAAAGGAATCTAAACTGGAATTTTTGAAGCGTAAAAGGCTAGATCAGATGAAAATAGAAAGAGAAGATGATTCCCCCTGTTTGACTAACATGATGCATAGGAGTGGTGGGGAAGCTTTACGACCTGCGTCATGTGGTGTGAGGATGCATAGAAACTCCTTTATGTCCTCAAATATTGGCAGCAATTTAAATGAAAGAGCAGAGTTTTCTAAGCGCAAAGTTGCAAAGTTTGATAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799265.1
MVEGKVCMSKESKLEFLKRKRLDQMKIEREDDSPCLTNMMHRSGGEALRPASCGVRMHRNSFMSSNIGSNLNERAEFSKRKVAKFDTPDFEWTEKILECPVYTPSTEEFQDPLVYLQKIAPEASKYGICKIVSPVSASVPAGVVLMKEKAGFKFTTRVQPLRLAEWDSVDKVTFFMSGRNYSFRDFEKMANKIFARRYYSAGCLPPSFMEKEFWHEIACGKTESVEYACDVDGSAFSSSPSDPLGKSRWNLKKLSRLPKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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