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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004201`

染色体: Chr03 坐标: 60636121-60638293 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004201`
名称	SmilChr03G004201
描述	ubiquitin-NEDD8-like protein RUB2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60636121 - 60638293 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015079`
GeneID	`131015079`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015079`
原始查询	`LOC131015079`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin-NEDD8-like protein RUB2
产物	ubiquitin-NEDD8-like protein RUB2
Arabidopsis	`AT1G31340` (RUB1) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840023] identity=99.3; qcov=0.987; evalue=7.67e-106; confidence=high
Rice	`Os06g0650100` (RUB2) - identity=99.3; qcov=0.987; evalue=2.5e-106; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0019941 (modification-dependent protein catabolic process); GO:0031386 (protein tag activity); GO:0031625 (ubiquitin protein ligase binding)
KEGG	-
Pfam	PF00240 (ubiquitin); PF11976 (Rad60-SLD); PF13881 (Rad60-SLD_2); PF14560 (Ubiquitin_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015079

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057799293.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057799293.1`
3	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057799293.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057799293.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799293.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60638074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799293.1

154 aa

154

Rad60-SLD

ubiquitin

Rad60-SLD_2

Ubiquitin_2

Rad60-SLD_2

Rad60-SLD

ubiquitin

Ubiquitin_2

PF11976 Rad60-SLD 1-71 aa PF00240 ubiquitin 3-74 aa PF13881 Rad60-SLD_2 10-72 aa PF14560 Ubiquitin_2 11-69 aa PF13881 Rad60-SLD_2 79-142 aa PF11976 Rad60-SLD 79-147 aa PF00240 ubiquitin 79-149 aa PF14560 Ubiquitin_2 85-138 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799293.1`	Pfam	`PF11976`	Rad60-SLD	Family	1	71	5.6e-35	119.7	Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
`XP_057799293.1`	Pfam	`PF00240`	ubiquitin	Domain	3	74	3e-62	207.0	Ubiquitin family
`XP_057799293.1`	Pfam	`PF13881`	Rad60-SLD_2	Domain	10	72	1.3e-06	29.2	Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
`XP_057799293.1`	Pfam	`PF14560`	Ubiquitin_2	Domain	11	69	4.8e-11	43.7	Ubiquitin-like domain
`XP_057799293.1`	Pfam	`PF13881`	Rad60-SLD_2	Domain	79	142	1.3e-06	29.2	Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
`XP_057799293.1`	Pfam	`PF11976`	Rad60-SLD	Family	79	147	5.6e-35	119.7	Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
`XP_057799293.1`	Pfam	`PF00240`	ubiquitin	Domain	79	149	3e-62	207.0	Ubiquitin family
`XP_057799293.1`	Pfam	`PF14560`	Ubiquitin_2	Domain	85	138	4.8e-11	43.7	Ubiquitin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943310.1
GATATTAATCAAATAAAATTAATTTTAATAATAATAAGATCTTCGCAAAATTTCAATCTATTTAAATAAAAATAATAATATTATAATTTTTATAATATTAAAATTAATCCTCGAAAGTAAACTACCATGACAAGAAGATCACTAAATCGTAGATAAATAAATAAAAATTGAATATATAAATAAGGTGAGGTTGGGAGAGAAAGAAAATCTGAATTTGGTGGTGGCAATCAGCTGAAAGAGCAGTCTCACAGCGCAAGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015079
ATGCAGATATTCGTCAAAACCCTAACTGGAAAGACGATTACGCTCGAGGTTGAGAGCAGCGACACCATCGATAATGTCAAGGCCAAGATTCAGGATAAAGAAGGCATACCTCCCGACCAGCAGAGGCTAATATTTGCTGGTAAACAGTTGGAAGATGGTCGGACCTTGGCAGATTACAATATCCAGAAAGAATCAACACTTCACCTTGTTTTGAGACTCAGGGGAGGTACTATGATCAAGGTTAAGACCCTTACTGGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799293.1
MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGTMIKVKTLTGKEIEIDIEPTDTIDRIKERVEEKEGIPPVQQRLIYAGKQLGDDKTAKDYNIEGGSVLHLVLALRGGSF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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