Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002289`

染色体: Chr01 坐标: 39720915-39726660 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002289`
名称	SmilChr01G002289
描述	syntaxin-22-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	39720915 - 39726660 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015093`
GeneID	`131015093`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015093`
原始查询	`LOC131015093`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	syntaxin-22-like
产物	syntaxin-22-like
Arabidopsis	`AT5G46860` (VAM3) Syntaxin/t-SNARE family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834730] identity=79.2; qcov=0.959; evalue=3.82e-149; confidence=high
Rice	`Os01g0254900` - identity=73.1; qcov=0.989; evalue=1.03e-135; confidence=high
GO	GO:0000149 (SNARE binding); GO:0005484 (SNAP receptor activity); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006906 (vesicle fusion); GO:0012505 (endomembrane system); GO:0016020 (membrane); GO:0016192 (vesicle-mediated transport); GO:0031201 (SNARE complex); GO:0048278 (GO:0048278)
KEGG	-
Pfam	PF05739 (SNARE); PF14523 (Syntaxin_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015093

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057799327.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057799327.1`
3	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057799327.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057799327.1`
5	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.40000	`XP_057799327.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:39722334`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B60
`Chr1:39722334`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B60
`Chr1:39723268`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr1:39723769`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr1:39726110`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,A24,B62,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799327.1

271 aa

136

271

Syntaxin_2

SNARE

PF14523 Syntaxin_2 24-159 aa PF05739 SNARE 180-257 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799327.1`	Pfam	`PF14523`	Syntaxin_2	Domain	24	159	4.6e-37	127.7	Syntaxin-like protein
`XP_057799327.1`	Pfam	`PF05739`	SNARE	Domain	180	257	3.8e-25	88.3	SNARE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943344.1
CTTTAAGCATATGACGATATATATGTGAGCTTAATCTTCATTAATTAAACTCGTAAATTATTTTGCCATTAAACCTAAGTGAATTCTACGTGAGCTTGATCTTCCCACAATCCCACTACTAAATAATGTTAGTATTAAAAATGAATGCATGTTTTTATTCGCTCAAAAGCAAACCCCGCCGGCCCACAATCCACCTTTGAAATCATTCTTCCCCTCATTTTACATTATAATTGTCTACAATTCCCCTCCTTAATCTTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015093
ATGAGTTTTCAGGATATTGAAGCGGGTCGGGGAGCCGGGCCTCGGAGGGCGCTTGGGCGGCAGGATTCGACGCAGGCGGTGGCGTCCGGGATTTTTCAGATCAACACGGCTGTTTCCACCTTCCAGCGCCTCGTGAACGCCCTCGGTACCCCCAAGGACACGCCGGAGCTCCGTGAAAAACTGCATAAAACTCGGATGCACATTGGACAGCTGGTAAAAGATACTTCAGCTAAACTTAAGCAAGCTAGTGAAACAGATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799327.1
MSFQDIEAGRGAGPRRALGRQDSTQAVASGIFQINTAVSTFQRLVNALGTPKDTPELREKLHKTRMHIGQLVKDTSAKLKQASETDHRAEVSASKKITDAKLAKDFQAVLKEFQKAQRLSAERETSYTPFVSQAVLPSSYTASEIDGSADKTPEQRALLVESRRQEVVLLDNEIAFNEAIIEERDQGIQEIQQQIGEVNEIFKDLAVLVHEQGTMIDDIGSNIEGSHAATAQAKSQLIKAAKTQRSNSSLTCLLLVIFGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器