Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004239`

染色体: Chr03 坐标: 60922898-60925022 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004239`
名称	SmilChr03G004239
描述	ferruginol synthase-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60922898 - 60925022 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015112`
GeneID	`131015112`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015112`
原始查询	`LOC131015112`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ferruginol synthase-like
产物	ferruginol synthase-like
Arabidopsis	`AT3G61040` (CYP76C7) cytochrome P450, family 76, subfamily C, polypeptide 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825276] identity=41.2; qcov=0.948; evalue=1.49e-129; confidence=medium
Rice	`Os03g0248200` - identity=42; qcov=0.964; evalue=9.1e-136; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015112

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057799346.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057799346.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799346.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799346.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799346.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60922939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:60922954`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	77	A1,A10,A11,A16,A18,A19,A5,A9,B10,B106,B110,B111,B117,B126,B127,B130,B139,B14,B18,B2,B21,B24,B28,B29,B3,B30,B36,B40,B45,B5,B51,B52,B61,B63,B66,B7,B76,B80,B81,B83,B89,B9,B90,B91,B92,C1,C10,C14,C17,C19,C26,C28,C30,C36,C38,C4,C41,C43,C50,C51,C53,C54,C57,C58,C59,C65,C69,C73,C80,C84,C87,D2,D3,D4,D5,D6,D8
`Chr3:60922976`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	36	A22,A23,A4,A6,B102,B105,B112,B115,B118,B121,B128,B13,B25,B28,B31,B33,B41,B43,B58,B59,B69,B70,B94,B98,C22,C24,C29,C35,C39,C46,C49,C60,C61,C65,C71,C82
`Chr3:60923010`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr3:60923022`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	35	A22,A23,A4,A6,B102,B105,B11,B112,B115,B121,B128,B139,B25,B28,B31,B33,B43,B58,B59,B69,B70,B94,B98,C22,C24,C29,C35,C39,C46,C49,C60,C61,C65,C71,C82
`Chr3:60923026`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	35	A22,A23,A4,A6,B102,B105,B11,B112,B115,B121,B128,B139,B25,B28,B31,B33,B43,B58,B59,B69,B70,B94,B98,C22,C24,C29,C35,C39,C46,C49,C60,C61,C65,C71,C82
`Chr3:60923111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:60923171`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B18,B20,D11
`Chr3:60923289`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,B69,C22,C24,C39
`Chr3:60923374`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B5,B58,C17,C65
`Chr3:60923408`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:60923415`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799346.1

499 aa

250

499

p450

PF00067 p450 33-479 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799346.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	33	479	8.1e-110	368.5	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943363.1
AATCAAACGAGTGAGAAGAGAAACACATGCTAGTAGAAAATGGATTCCCTCTTCTGGTTCCCTCTTCTCGTGGCTCTATTCTCGATCGGTTTAACCGGGTTTCTCTTCCTCCGGTCCGGTTCAAGGCGGCGGCTCCCTCCGGGGCCGAGACCCCTTCCGGTGGTCGGAAACTTTCTCCAATTAGGGAAAAAACCCTACGAGACACTTAGCCAGCTCGCGAAAACGCACGGACCTCTGATGTCCATCCACCTCGGGAGCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015112
ATGGATTCCCTCTTCTGGTTCCCTCTTCTCGTGGCTCTATTCTCGATCGGTTTAACCGGGTTTCTCTTCCTCCGGTCCGGTTCAAGGCGGCGGCTCCCTCCGGGGCCGAGACCCCTTCCGGTGGTCGGAAACTTTCTCCAATTAGGGAAAAAACCCTACGAGACACTTAGCCAGCTCGCGAAAACGCACGGACCTCTGATGTCCATCCACCTCGGGAGCCTATACACCGTGATCGTCTCATCGCCGGAGATGGCGAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799346.1
MDSLFWFPLLVALFSIGLTGFLFLRSGSRRRLPPGPRPLPVVGNFLQLGKKPYETLSQLAKTHGPLMSIHLGSLYTVIVSSPEMAKELLQHHGQVFSGRTTAQVMHARDLNKLSMAFTPTGKEWRDKRKICKERVFSDRSLEGSEALRREKLQQLLDHVRRHCDRGDVVDLHDALLVTNLNLMLTTLFSTRSPDFESAVTREFKEIVEVIAVAVAVPNMADYFPILKPFDPQGIKRKAELYFGKILEKFEGFLNQRLESR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器