Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004243`

染色体: Chr03 坐标: 60942628-60945798 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004243`
名称	SmilChr03G004243
描述	protein VTE6, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60942628 - 60945798 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015118`
GeneID	`131015118`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015118`
原始查询	`LOC131015118`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein VTE6, chloroplastic
产物	protein VTE6%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G78620` (AT1G78620) integral membrane protein (Protein of unknown function DUF92, transmembrane) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844198] identity=73.2; qcov=0.757; evalue=9.62e-138; confidence=high
Rice	`Os01g0729100` - identity=72.5; qcov=0.728; evalue=2.52e-129; confidence=high
GO	GO:0009706 (chloroplast inner membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01940 (DUF92)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015118

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057799352.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057799352.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799352.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799352.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799352.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60943116`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr3:60943568`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,C17,C34,C67
`Chr3:60944020`	`A`	`AGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A22,B65,B96
`Chr3:60944020`	`A`	`AGT`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A22,B65,B96
`Chr3:60944492`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	47	A10,A13,A14,A22,A24,A8,B100,B101,B102,B103,B104,B112,B113,B118,B12,B13,B131,B133,B22,B23,B28,B29,B32,B36,B38,B42,B45,B49,B55,B58,B8,B86,B91,B93,B96,C12,C2,C49,C5,C58,C67,C73,C76,C77,C79,D5,D8
`Chr3:60944603`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B87,C62,D2
`Chr3:60945251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B24,B50,C14,C25,D5
`Chr3:60945368`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr3:60945520`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B24,B50,B85,C14,D5
`Chr3:60945520`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B24,B50,B85,C14,D5
`Chr3:60945539`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	141	A1,A10,A11,A14,A15,A16,A20,A23,A25,A3,A5,A6,A7,B10,B101,B103,B105,B106,B107,B108,B110,B112,B113,B114,B119,B12,B120,B123,B124,B125,B126,B133,B134,B136,B138,B140,B15,B18,B20,B21,B24,B26,B27,B28,B29,B32,B33,B34,B35,B38,B39,B40,B44,B45,B46,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B62,B66,B68,B69,B7,B71,B72,B74,B77,B78,B8,B81,B83,B85,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B95,B96,C10,C11,C14,C17,C18,C2,C20,C21,C25,C28,C3,C33,C34,C36,C38,C4,C40,C41,C42,C44,C46,C47,C49,C50,C51,C52,C54,C57,C58,C59,C6,C64,C67,C69,C70,C71,C72,C73,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C82,C83,C84,C87,D1,D11,D3,D4,D5,D6,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799352.1

345 aa

172

345

DUF92

PF01940 DUF92 107-328 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799352.1`	Pfam	`PF01940`	DUF92	Family	107	328	2.9e-56	191.3	Integral membrane protein DUF92

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943369.1
AATATATTATGAAATTAAATTCCATCTAATTCAAATTTTGTTTTATCCACCAAATCAAAGACCCTAATTGATTGCTCATCATGGTGAATTCAGGTACAAAACTGAATGGGAATTAATATTTTTCGTATTTAGAAGTGTTTTAGAAAGAAAGATAAAAGTTAAAAAAAAAAAATCCATCTATTTTTCGATTGGAATTATTTTAATATAATTAGACCACTATTACTAAATTTTGTTTACCAGATTTCTTCTTCTGACATATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015118
ATGATTTTGAGCTCCCTTTCTTCTCCAACCAAATACCAAACTATTCTACCGCAACCAAAAATGGCAACTTCTCTCTCAACTTCCACCACTCTCTCTCTCAACCCTTCATTGTCTCTCTTCACTTCCCCCGAACCCACATCAAGCACCTTCTTCTTCTTCCCTCCAAAGTCAAACCTCAAAACCCCAGTCTTGAAGAGAAAATTCACATCCCAAATTCAAGCGTCAACGAGTGATTTTGATGCAGGACTACTTCAACAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799352.1
MILSSLSSPTKYQTILPQPKMATSLSTSTTLSLNPSLSLFTSPEPTSSTFFFFPPKSNLKTPVLKRKFTSQIQASTSDFDAGLLQQAIELVKSSPPTWQSALLSNAAIFILGSPVLLSGLSPFGFGAAFLLGTLTWRAFSYSGFLLVATYFIIGTAATKVKMDQKEAQGVAEKMKGRRGPGSVVGSSAAGCVCAALSISGIGGRALAPLWELGFVASFCTKLSDTVSSEIGKAYGRTTYLVTTFKIVPRGTEGAVSLEGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器