当前解析结果
SmilChr03G004247| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004247 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004247 |
| 描述 | early nodulin-like protein 14 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 60964904 - 60965829 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015124 |
|---|---|
| GeneID | 131015124 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015124 |
| 原始查询 | LOC131015124 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 14 |
| 产物 | early nodulin-like protein 14 |
| Arabidopsis | AT2G25060 (ENODL14)early nodulin-like protein 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817044] identity=57; qcov=0.922; evalue=4.59e-58; confidence=high |
| Rice | Os02g0162200 (OsENODL6)- identity=49.1; qcov=0.592; evalue=2.73e-30; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015124 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057799361.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799361.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799361.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799361.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057799361.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:60965021 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:60965105 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B133 |
Chr3:60965170 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:60965310 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,B1,B106,B140,B47 |
Chr3:60965435 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | A11,A19,B87,B89,C51,C54,D10,D4 |
Chr3:60965437 |
C |
CT |
1bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 8 | A11,A19,B87,B89,C51,C54,D10,D4 |
Chr3:60965528 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C25 |
Chr3:60965555 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:60965594 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B93,C56,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799361.1PF02298
Cu_bind_like 37-122 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799361.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 37 | 122 | 2e-26 | 92.5 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。