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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004261

染色体: Chr03 坐标: 61102015-61108363 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004261
名称SmilChr03G004261
描述formin-like protein 18
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61102015 - 61108363 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015139
GeneID131015139
locus_tag-
NCBI NameLOC131015139
原始查询LOC131015139

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述formin-like protein 18
产物formin-like protein 18
ArabidopsisAT5G58160 (AT5G58160)
actin binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835928]
identity=67.3; qcov=0.41; evalue=0; confidence=low
RiceOs08g0280200 (OsFH6)
-
identity=68; qcov=0.388; evalue=0; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF02181 (FH2); PF10409 (PTEN_C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015139

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799378.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057799378.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057799378.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799378.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799378.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61102512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr3:61102518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr3:61102533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr3:61102538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr3:61102813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr3:61102830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,C41,C51,D4
Chr3:61102983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B111,B123,B90,C14
Chr3:61103025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr3:61103032 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A14,B111,B123,B16,B77,B90,B92,C14,C25,C32,C50,C53,C55,C68
Chr3:61103034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B136,C23
Chr3:61103043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B111,B123,C53
Chr3:61103082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,C44,C49,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799378.1
1087 aa
N
1
544
1087
PTEN_C2
FH2
C
PF10409 PTEN_C2 199-337 aa PF02181 FH2 664-1033 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799378.1 Pfam PF10409 PTEN_C2 Domain 199 337 4e-37 127.6 C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein
XP_057799378.1 Pfam PF02181 FH2 Family 664 1033 2.4e-113 379.8 Formin Homology 2 Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943395.1
TTGATCCGATTGAGACACAACAGTCAGATCTGACGCGATCCCAACATTCTCTTAATGCAACCAAAAATCATGTCAAAAATCTAACAAGAAATTAAACGGGATCAGATACCCTTTTTCCCCACACGCTCAAGCTCTCTGCAGCCTTAATTTGATTCCCCTCTTTCGAAGCCAAGCTCACACAACACAGACTAAGTGTGTATGTGAAGAAATGTTTCCATATGGAAAGAGAAATTAGTGTTTCTTGCAGCCTCGGCAAAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015139
ATGGCTCTTTTACGCAAATTTTTCTACCGGAAGCCGCCGGAAGGGCTCTTGGAGATCTCCGAAAGGGTTTATGTGTTTGATTGCTGCTTCACTACGAATGTTTTGGGTGGTGAGGAGTATGAAGTGTATATAGGGCGTATCGTGGATCAGCTCCGCGAATACTTCCCGAATTCATCGTTCATAGTGTTTAGTTTCGGAGATGGGGATTACCAAATAGAGATCACTAGTGTTCTAGCTAACCATGGCATAACAGTGGTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799378.1
MALLRKFFYRKPPEGLLEISERVYVFDCCFTTNVLGGEEYEVYIGRIVDQLREYFPNSSFIVFSFGDGDYQIEITSVLANHGITVVDYPSQNESCPVLTVEMIHHFLRSSESWLCIGQRNVLLMHCQNGAFPVLAFMLSAFLIYRKQYSGEKKTLDMVYKQAPEEAMHLLSPIDPLPSQLRYLQYVSRRNIGSRWPPLDRALTLDCVILRAIPNMDGKGGCRPIFRIYGPDPLMAADPKTKMLFSMPKRSKAVGYFKQAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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