当前解析结果
SmilChr03G004268| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004268 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004268 |
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor ERF017-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 61156904 - 61157998 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015145 |
|---|---|
| GeneID | 131015145 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015145 |
| 原始查询 | LOC131015145 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor ERF017-like |
| 产物 | ethylene-responsive transcription factor ERF017-like |
| Arabidopsis | AT1G19210 (AT1G19210)Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838504] identity=45.1; qcov=0.877; evalue=1.73e-42; confidence=medium |
| Rice | Os02g0781300 (OsERF#011)- identity=61.8; qcov=0.405; evalue=7.36e-29; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015145 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057799386.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799386.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799386.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057799386.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057799386.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:61156998 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C87 |
Chr3:61156998 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr3:61157075 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 100 | A1,A10,A11,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A5,A7,B10,B100,B101,B103,B108,B120,B123,B124,B126,B128,B129,B13,B133,B135,B137,B140,B15,B17,B18,B2,B22,B25,B27,B28,B29,B31,B35,B45,B46,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B68,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B80,B83,B85,B88,B90,B92,B94,B95,B99,C1,C14,C15,C17,C19,C2,C23,C24,C25,C28,C29,C35,C38,C40,C41,C45,C49,C51,C52,C61,C62,C64,C66,C70,C74,C75,C76,C8,C84,D10,D3,D4,D5,D6,D7 |
Chr3:61157299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:61157357 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr3:61157379 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,B81 |
Chr3:61157487 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr3:61157498 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,B24 |
Chr3:61157582 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,B140 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799386.1PF00847
AP2 38-87 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799386.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 38 | 87 | 4.3e-12 | 46.8 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。