Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004277

染色体: Chr03 坐标: 61215444-61220864 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004277
名称SmilChr03G004277
描述protein tesmin/TSO1-like CXC 2
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61215444 - 61220864 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015155
GeneID131015155
locus_tag-
NCBI NameLOC131015155
原始查询LOC131015155

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein tesmin/TSO1-like CXC 2
产物protein tesmin/TSO1-like CXC 2
ArabidopsisAT4G14770 (TCX2)
TESMIN/TSO1-like CXC 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827132]
identity=39.7; qcov=0.549; evalue=2.54e-68; confidence=medium
RiceOs07g0176200
-
identity=58.9; qcov=0.225; evalue=1.83e-56; confidence=weak
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG-
PfamPF03638 (TCR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015155

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799401.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799401.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799401.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799401.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057799401.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61216396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C13
Chr3:61216423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr3:61216429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B52
Chr3:61216567 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 3 B1,B22,C42
Chr3:61216567 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 3 B1,B22,C42
Chr3:61216568 GA * 1bp_deletion CDS_variant 4 B1,B22,B46,C42
Chr3:61216596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B112
Chr3:61216616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,D5
Chr3:61216633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B112
Chr3:61217487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B97,C27,C55
Chr3:61217546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:61217590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799401.1
736 aa
N
1
368
736
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 345-380 aa PF03638 TCR 437-472 aa
XP_057799402.1
736 aa
N
1
368
736
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 345-380 aa PF03638 TCR 437-472 aa
XP_057799404.1
736 aa
N
1
368
736
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 345-380 aa PF03638 TCR 437-472 aa
XP_057799405.1
734 aa
N
1
367
734
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 345-380 aa PF03638 TCR 437-472 aa
XP_057799406.1
732 aa
N
1
366
732
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 345-380 aa PF03638 TCR 433-468 aa
XP_057799407.1
732 aa
N
1
366
732
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 345-380 aa PF03638 TCR 433-468 aa
XP_057799408.1
729 aa
N
1
364
729
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 338-373 aa PF03638 TCR 430-465 aa
XP_057799409.1
725 aa
N
1
362
725
TCR
TCR
C
PF03638 TCR 338-373 aa PF03638 TCR 426-461 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799401.1 Pfam PF03638 TCR Domain 345 380 1.9e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799401.1 Pfam PF03638 TCR Domain 437 472 1.9e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799402.1 Pfam PF03638 TCR Domain 345 380 1.9e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799402.1 Pfam PF03638 TCR Domain 437 472 1.9e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799404.1 Pfam PF03638 TCR Domain 345 380 1.9e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799404.1 Pfam PF03638 TCR Domain 437 472 1.9e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799405.1 Pfam PF03638 TCR Domain 345 380 1.9e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799405.1 Pfam PF03638 TCR Domain 437 472 1.9e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799406.1 Pfam PF03638 TCR Domain 345 380 1.8e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799406.1 Pfam PF03638 TCR Domain 433 468 1.8e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799407.1 Pfam PF03638 TCR Domain 345 380 1.8e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799407.1 Pfam PF03638 TCR Domain 433 468 1.8e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799408.1 Pfam PF03638 TCR Domain 338 373 1.8e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799408.1 Pfam PF03638 TCR Domain 430 465 1.8e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799409.1 Pfam PF03638 TCR Domain 338 373 1.8e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain
XP_057799409.1 Pfam PF03638 TCR Domain 426 461 1.8e-22 80.0 Tesmin/TSO1-like CXC domain, cysteine-rich domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943419.1
ATTAATATTCATCTCACTACGCAAAAATGCAATAAATCTATTTATTTTTTGGTGTTGAAATGAAAAGGAAAACATGGTGATAATATCATCATATATCACATGCTTATTTGACTCCAGAGTTCCCAAAGATGGAAATTGAGTAGAGAGAGGACTTTTATTGTAAACATGGACTCAAGTTATCCAAAAATTTCATTTGAAAGAATTGATCAAGCATCAGATGCTGCTGTAATTGGGGAAATCAAAGAGGTACATGAGGACGA...
XM_057943424.1
ATTAATATTCATCTCACTACGCAAAAATGCAATAAATCTATTTATTTTTTGGTGTTGAAATGAAAAGGAAAACATGGTGATAATATCATCATATATCACATGCTTATTTGACTCCAGAGTTCCCAAAGATGGAAATTGAGTAGAGAGAGGACTTTTATTGTAAACATGGACTCAAGTTATCCAAAAATTTCATTTGAAAGAATTGATCAAGCATCAGATGCTGCTGTAATTGGGGAAATCAAAGAGGTACATGAGGACGA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131015155
ATGGACTCAAGTTATCCAAAAATTTCATTTGAAAGAATTGATCAAGCATCAGATGCTGCTGTAATTGGGGAAATCAAAGAGGTACATGAGGACGACGGATGGATTGTTGTTGGTGCAGAAGAAACTGATGCACGACGAAGAGACAGCGTACCTAGCAATCATTGTCCAGCGGTTGAATCTGACTTTCACGAATGCCGGCCTTCGAGAAATCAGAACCAGGATTCGATGACTGAGAATGTAGAAGCTGAGGAAACCTGTCC...
LOC131015155
ATGGACTCAAGTTATCCAAAAATTTCATTTGAAAGAATTGATCAAGCATCAGATGCTGCTGTAATTGGGGAAATCAAAGAGGTACATGAGGACGACGGATGGATTGTTGTTGGTGCAGAAGAAACTGATGCACGACGAAGAGACAGCGTACCTAGCAATCATTGTCCAGCGGTTGAATCTGACTTTCACGAATGCCGGCCTTCGAGAAATCAGAACCAGGATTCGATGACTGAGAATGTAGAAGCTGAGGAAACCTGTCC...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057799401.1
MDSSYPKISFERIDQASDAAVIGEIKEVHEDDGWIVVGAEETDARRRDSVPSNHCPAVESDFHECRPSRNQNQDSMTENVEAEETCPLNQASHFLLGPVQIEKQNKNSLDATAAVSSEPILKEAQNNPEDFQHHGIHRRSLQLEDNPYTVISRPTQSPSNSGAPKSPLKLPCTPIKGKETEKIQPPYPQSRNNTVNIPKPSGIGLHLNSIINVLQAGSGAIVHTKSAQSFNFSIRGMKSTPTINSHLSDTSKSSTGFSPP...
XP_057799402.1
MDSSYPKISFERIDQASDAAVIGEIKEVHEDDGWIVVGAEETDARRRDSVPSNHCPAVESDFHECRPSRNQNQDSMTENVEAEETCPLNQASHFLLGPVQIEKQNKNSLDATAAVSSEPILKEAQNNPEDFQHHGIHRRSLQLEDNPYTVISRPTQSPSNSGAPKSPLKLPCTPIKGKETEKIQPPYPQSRNNTVNIPKPSGIGLHLNSIINVLQAGSGAIVHTKSAQSFNFSIRGMKSTPTINSHLSDTSKSSTGFSPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器