当前解析结果
SmilChr01G002295| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002295 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002295 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G002295 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 39778714 - 39782298 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015158 |
|---|---|
| GeneID | 131015158 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015158 |
| 原始查询 | LOC131015158 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0697200; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os02g0697200; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os02g0697200- identity=28.6; qcov=1.17; evalue=1.32e-29; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF20636 (SMN_G2-BD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015158 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057799415.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057799415.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799415.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799415.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057799415.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:39780958 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr1:39781381 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B128,B34,C15,C64,C66 |
Chr1:39781477 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B7 |
Chr1:39782167 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B8,B82,C34,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799415.1PF20636
SMN_G2-BD 1-29 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799415.1 |
Pfam | PF20636 |
SMN_G2-BD | Domain | 1 | 29 | 5.8e-15 | 55.2 | Survival Motor Neuron, Gemin2-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。