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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004299`

染色体: Chr03 坐标: 61386954-61388667 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004299`
名称	SmilChr03G004299
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	61386954 - 61388667 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015179`
GeneID	`131015179`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015179`
原始查询	`LOC131015179`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065-like
Arabidopsis	`AT4G21065` (AT4G21065) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5008150] identity=33.2; qcov=0.898; evalue=4.82e-95; confidence=low
Rice	`Os02g0164600` - identity=39.7; qcov=0.821; evalue=2.53e-107; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015179

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057799434.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799434.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799434.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799434.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799434.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:61387029`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C27,C55
`Chr3:61387047`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,B58,C86
`Chr3:61387077`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B54,B62,C25,C5
`Chr3:61387100`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	190	A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A2,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B10,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B112,B115,B119,B121,B123,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B14,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B25,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B51,B53,B54,B56,B57,B59,B6,B61,B63,B65,B66,B68,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B78,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C32,C33,C37,C39,C4,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C55,C56,C57,C6,C60,C61,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C72,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C9,D1,D11,D2,D3,D6,D8,D9
`Chr3:61387101`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	81	A1,A16,A18,A19,A2,A25,B10,B100,B101,B102,B104,B108,B111,B114,B117,B118,B123,B124,B132,B139,B140,B17,B19,B21,B24,B27,B29,B3,B35,B47,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B58,B60,B61,B62,B66,B69,B76,B77,B78,B87,B93,B94,B95,B97,C12,C14,C15,C16,C17,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C34,C35,C39,C45,C48,C5,C53,C54,C61,C65,C74,C77,C80,C86,C87,D1,D11,D4,D5,D7
`Chr3:61387194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,C54
`Chr3:61387211`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C37
`Chr3:61387211`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C37
`Chr3:61387300`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,B14
`Chr3:61387308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C53,C77
`Chr3:61387322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr3:61387366`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799434.1

537 aa

268

537

PPR

PPR_3

PPR

PPR_3

PPR

E_motif

PF01535 PPR 191-218 aa PF13812 PPR_3 216-267 aa PF01535 PPR 219-244 aa PF01535 PPR 295-318 aa PF01535 PPR 325-352 aa PF13812 PPR_3 354-407 aa PF01535 PPR 361-389 aa PF20431 E_motif 441-502 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799434.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	191	218	1.3e-33	113.6	PPR repeat
`XP_057799434.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	216	267	1.9e-17	63.8	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057799434.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	219	244	1.3e-33	113.6	PPR repeat
`XP_057799434.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	295	318	1.3e-33	113.6	PPR repeat
`XP_057799434.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	325	352	1.3e-33	113.6	PPR repeat
`XP_057799434.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	354	407	1.9e-17	63.8	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057799434.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	361	389	1.3e-33	113.6	PPR repeat
`XP_057799434.1`	Pfam	`PF20431`	E_motif	Repeat	441	502	2.8e-11	44.2	E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943451.1
TGCCTGAATTCCTCACGCCCACGGTGCCTAATTCCTCAGGCATCGTCAATTATAAATCTGGAATGTCATTCAAAACTGTTTTCCTAAAGAATCGATTTGTTATTCTTAAGCAAATCCCGCCACCGTGGTTTGTTCTTTGCAAAATTAATTTTTCTTCGCAAGCTGATTCTTCCAGCTGGGTTCAACACAACCAGTTGTTTCAAAGGCACCCCAGATTGCAAATTATCCAGAAACAATGCATGAAAACACTTCATCACCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015179
ATGTCATTCAAAACTGTTTTCCTAAAGAATCGATTTGTTATTCTTAAGCAAATCCCGCCACCGTGGTTTGTTCTTTGCAAAATTAATTTTTCTTCGCAAGCTGATTCTTCCAGCTGGGTTCAACACAACCAGTTGTTTCAAAGGCACCCCAGATTGCAAATTATCCAGAAACAATGCATGAAAACACTTCATCACCTCAAGCAATTTGTTGCTTTCGTATTTGTATCGGGTCTTCACCGCAACCCGTTCATCATGAGTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799434.1
MSFKTVFLKNRFVILKQIPPPWFVLCKRXNFSSQADSSSWVQHNQLFQRHPRLQIIQKQCMKTLHHLKQFVAFVFVSGLHRNPFIMSHILYLSLVESDRIENSEFGIQIFSRMERPNIFSWNTMIRFFAGFDPAIALHYYTKMLRQNMLPDIYTFPFLLQAGGPNLDLGFVKQVHCPALKLGFDNCLFVQNSIINAYVIRDSAIDAWKVFDEMSERDIVTWTSLISGLVAQSNYGEALAVFRNLMADECEPQPNVATIIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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