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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004415

染色体: Chr03 坐标: 62312447-62317481 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004415
名称SmilChr03G004415
描述uncharacterized SmilChr03G004415
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62312447 - 62317481 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015206
GeneID131015206
locus_tag-
NCBI NameLOC131015206
原始查询LOC131015206

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SU(VAR)3-9 homolog 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816804]; symbol=SUVH6; hit=AT2G22740; species=arabidopsis; confidence=low
产物SU(VAR)3-9 homolog 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816804]; symbol=SUVH6; hit=AT2G22740; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G22740 (SUVH6)
SU(VAR)3-9 homolog 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816804]
identity=57.4; qcov=0.437; evalue=0; confidence=low
RiceOs09g0362900 (OsSET35)
-
identity=45.7; qcov=0.553; evalue=1.6e-175; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0034968 (GO:0034968); GO:0042054 (histone methyltransferase activity)
KEGGsmil00310 (Lysine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00856 (SET); PF02182 (SAD_SRA); PF05033 (Pre-SET)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015206

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799465.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799465.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799465.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799465.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057799465.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62313190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,C40
Chr3:62313193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr3:62313346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B4
Chr3:62313377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B48,C64,D5
Chr3:62313417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr3:62313441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,B4
Chr3:62313598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,B56,B96
Chr3:62313605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B15,B48,C66,D5
Chr3:62313635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B48,C66,D5
Chr3:62313760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr3:62313785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,C1,C34,C59
Chr3:62313837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,C1,C34,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799465.1
1229 aa
N
1
614
1229
SAD_SRA
Pre-SET
SET
C
PF02182 SAD_SRA 778-935 aa PF05033 Pre-SET 961-1056 aa PF00856 SET 1075-1199 aa
XP_057799466.1
1229 aa
N
1
614
1229
SAD_SRA
Pre-SET
SET
C
PF02182 SAD_SRA 778-935 aa PF05033 Pre-SET 961-1056 aa PF00856 SET 1075-1199 aa
XP_057799467.1
1229 aa
N
1
614
1229
SAD_SRA
Pre-SET
SET
C
PF02182 SAD_SRA 778-935 aa PF05033 Pre-SET 961-1056 aa PF00856 SET 1075-1199 aa
XP_057799468.1
1229 aa
N
1
614
1229
SAD_SRA
Pre-SET
SET
C
PF02182 SAD_SRA 778-935 aa PF05033 Pre-SET 961-1056 aa PF00856 SET 1075-1199 aa
XP_057799469.1
1229 aa
N
1
614
1229
SAD_SRA
Pre-SET
SET
C
PF02182 SAD_SRA 778-935 aa PF05033 Pre-SET 961-1056 aa PF00856 SET 1075-1199 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799465.1 Pfam PF02182 SAD_SRA Domain 778 935 2.5e-51 174.0 SAD/SRA domain
XP_057799465.1 Pfam PF05033 Pre-SET Family 961 1056 4.5e-23 82.5 Pre-SET motif
XP_057799465.1 Pfam PF00856 SET Family 1075 1199 1.9e-22 80.4 SET domain
XP_057799466.1 Pfam PF02182 SAD_SRA Domain 778 935 2.5e-51 174.0 SAD/SRA domain
XP_057799466.1 Pfam PF05033 Pre-SET Family 961 1056 4.5e-23 82.5 Pre-SET motif
XP_057799466.1 Pfam PF00856 SET Family 1075 1199 1.9e-22 80.4 SET domain
XP_057799467.1 Pfam PF02182 SAD_SRA Domain 778 935 2.5e-51 174.0 SAD/SRA domain
XP_057799467.1 Pfam PF05033 Pre-SET Family 961 1056 4.5e-23 82.5 Pre-SET motif
XP_057799467.1 Pfam PF00856 SET Family 1075 1199 1.9e-22 80.4 SET domain
XP_057799468.1 Pfam PF02182 SAD_SRA Domain 778 935 2.5e-51 174.0 SAD/SRA domain
XP_057799468.1 Pfam PF05033 Pre-SET Family 961 1056 4.5e-23 82.5 Pre-SET motif
XP_057799468.1 Pfam PF00856 SET Family 1075 1199 1.9e-22 80.4 SET domain
XP_057799469.1 Pfam PF02182 SAD_SRA Domain 778 935 2.5e-51 174.0 SAD/SRA domain
XP_057799469.1 Pfam PF05033 Pre-SET Family 961 1056 4.5e-23 82.5 Pre-SET motif
XP_057799469.1 Pfam PF00856 SET Family 1075 1199 1.9e-22 80.4 SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943483.1
GCCCAAATTTTCCTTTTTTCATTTCCACTCCGACACTTATTTTCCGCTGCAGATTAACTTTGCCGTTGCTCCATTCCCAATCCTTCCCACACACAACTCTCTGTATGTATGTATCCATGCTCGCCTGAAGCTCGAATCGGAAGCTCCGGTAGCTCCGCTGCGGCGGCGACGACTCGGTAGATAAAATCACCGTTTTCATTTTTTTTCTTTTGCGGTGACCGATTCGTTTTCGATTAGGAGAGATTGCTTCAGATTTTCAG...
XM_057943486.1
GCCCAAATTTTCCTTTTTTCATTTCCACTCCGACACTTATTTTCCGCTGCAGATTAACTTTGCCGTTGCTCCATTCCCAATCCTTCCCACACACAACTCTCTGTATGTATGTATCCATGCTCGCCTGAAGCTCGAATCGGAAGCTCCGGTAGCTCCGCTGCGGCGGCGACGACTCGGTAGATAAAATCACCGTTTTCATTTTTTTTCTTTTGCGGTGACCGATTCGTTTTCGATTAGGAGAGATTGCTTCAGGTTCAAAG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131015206
ATGATTTCATTTTCAAATGGTAGCTTGTCTAATGAGGTCTCAAATAAGCGGCCTCTGGAGAATGGTTGTATGCCTAAATATAAGCCCAGGAAAGTATCTGCCATCCGCGATTTCCCGCCTGATTGTGGCCCAAATGCAGTGCCAGTGAATTTGAGATCAGAAGAAAATTGTGGTAGTGAGGCAGCTGGGAGTAAAGATGCTCCAGGTGTTGTAAATTTGGAACCGACCAACACCGTGGTGGAGTGTCAATCACATGAACA...
LOC131015206
ATGATTTCATTTTCAAATGGTAGCTTGTCTAATGAGGTCTCAAATAAGCGGCCTCTGGAGAATGGTTGTATGCCTAAATATAAGCCCAGGAAAGTATCTGCCATCCGCGATTTCCCGCCTGATTGTGGCCCAAATGCAGTGCCAGTGAATTTGAGATCAGAAGAAAATTGTGGTAGTGAGGCAGCTGGGAGTAAAGATGCTCCAGGTGTTGTAAATTTGGAACCGACCAACACCGTGGTGGAGTGTCAATCACATGAACA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057799465.1
MISFSNGSLSNEVSNKRPLENGCMPKYKPRKVSAIRDFPPDCGPNAVPVNLRSEENCGSEAAGSKDAPGVVNLEPTNTVVECQSHEQLSSPTSSTLQHGAGVNGSMDVPMTETLDTLIEKAKENVTVSMKLVMEIGSVGTKMPDEDELHRQQAVNNPVEIERDEQLGTYVGNVETTVINDLTDVMLEPDLVRVDIVNDMHTLDHSKGQALLEELKEDNGVVSFRNSSVEVVKSLDDPLEFSAVCASVQPATSIRPRDKYR...
XP_057799466.1
MISFSNGSLSNEVSNKRPLENGCMPKYKPRKVSAIRDFPPDCGPNAVPVNLRSEENCGSEAAGSKDAPGVVNLEPTNTVVECQSHEQLSSPTSSTLQHGAGVNGSMDVPMTETLDTLIEKAKENVTVSMKLVMEIGSVGTKMPDEDELHRQQAVNNPVEIERDEQLGTYVGNVETTVINDLTDVMLEPDLVRVDIVNDMHTLDHSKGQALLEELKEDNGVVSFRNSSVEVVKSLDDPLEFSAVCASVQPATSIRPRDKYR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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