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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004457

染色体: Chr03 坐标: 62669661-62674843 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004457
名称SmilChr03G004457
描述ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向62669661 - 62674843 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015241
GeneID131015241
locus_tag-
NCBI NameLOC131015241
原始查询LOC131015241

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
产物ankyrin repeat-containing protein At5g02620-like
ArabidopsisAT1G10340 (AT1G10340)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837573]
identity=32.9; qcov=0.881; evalue=3.17e-81; confidence=low
RiceOs08g0542700
-
identity=30.6; qcov=0.786; evalue=3.17e-53; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0008157 (protein phosphatase 1 binding); GO:0019888 (protein phosphatase regulator activity); GO:0035304 (GO:0035304)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13962 (PGG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015241

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799528.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799528.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799528.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799528.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799528.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:62669758 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 18 A19,B118,B127,B32,B38,B39,B59,B67,B82,B88,B93,C12,C19,C40,C49,C77,C78,D11
Chr3:62669903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr3:62669936 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B133,B76,B98
Chr3:62669936 GA G 1bp_deletion CDS_variant 3 B133,B76,B98
Chr3:62669939 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 3 B133,B76,B98
Chr3:62669939 A AC 1bp_insertion CDS_variant 3 B133,B76,B98
Chr3:62669945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr3:62669965 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 11 A13,A21,B126,B128,B36,B37,B47,B57,C11,C27,C86
Chr3:62669977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B35,B85,C12,C82
Chr3:62670054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr3:62670073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr3:62670153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B85,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799528.1
636 aa
N
1
318
636
Ank_2
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_2
Ank_4
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_4
Ank
Ank_3
Ank
PGG
C
PF12796 Ank_2 45-131 aa PF12796 Ank_2 106-161 aa PF00023 Ank 108-128 aa PF13606 Ank_3 108-128 aa PF12796 Ank_2 148-234 aa PF13637 Ank_4 179-225 aa PF12796 Ank_2 179-264 aa PF13606 Ank_3 208-234 aa PF00023 Ank 208-235 aa PF13637 Ank_4 213-259 aa PF12796 Ank_2 242-299 aa PF00023 Ank 243-263 aa PF13606 Ank_3 243-265 aa PF13637 Ank_4 247-296 aa PF00023 Ank 276-297 aa PF13606 Ank_3 276-298 aa PF00023 Ank 312-343 aa PF13962 PGG 437-543 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799528.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 45 131 1.8e-65 218.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799528.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 106 161 1.8e-65 218.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799528.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 108 128 1.8e-40 135.3 Ankyrin repeat
XP_057799528.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 108 128 6.5e-40 130.8 Ankyrin repeat
XP_057799528.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 148 234 1.8e-65 218.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799528.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 179 225 3.5e-36 123.1 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799528.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 179 264 1.8e-65 218.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799528.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 208 234 6.5e-40 130.8 Ankyrin repeat
XP_057799528.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 208 235 1.8e-40 135.3 Ankyrin repeat
XP_057799528.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 213 259 3.5e-36 123.1 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799528.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 242 299 1.8e-65 218.2 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057799528.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 243 263 1.8e-40 135.3 Ankyrin repeat
XP_057799528.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 243 265 6.5e-40 130.8 Ankyrin repeat
XP_057799528.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 247 296 3.5e-36 123.1 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057799528.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 276 297 1.8e-40 135.3 Ankyrin repeat
XP_057799528.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 276 298 6.5e-40 130.8 Ankyrin repeat
XP_057799528.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 312 343 1.8e-40 135.3 Ankyrin repeat
XP_057799528.1 Pfam PF13962 PGG Domain 437 543 1.3e-28 99.9 Domain of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943545.1
GGATAGAATAGTTGATTCGTAAAGTCTTTTTAAAACACAAAAAAAAATAAAAAAATTATACAATAGAAAAAAGAAAAAGAAAAATAGCGTTTGTGATGACATACTTTCTGTCTAGGAACCTTCCTACTCATTTCCACGTCATGCACTATATTTACAAAATAAATACACACATCCTCCGCCGCATTCCTCCACCCTCCTCCGCCATGTACCGCCGCCTCCAAGAATCCGTGACGCGGGGCGACGTCCCGGCCCTGCGGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015241
ATGACATACTTTCTGTCTAGGAACCTTCCTACTCATTTCCACGTCATGCACTATATTTACAAAATAAATACACACATCCTCCGCCGCATTCCTCCACCCTCCTCCGCCATGTACCGCCGCCTCCAAGAATCCGTGACGCGGGGCGACGTCCCGGCCCTGCGGGAGCTCATCCAGCTCGACGAGAAGTCAGTCGAACACGCAACCTTCGGGCCCCACAACAACACCATACTGCACGTGGCGGCCATGTTCGGCCACGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799528.1
MTYFLSRNLPTHFHVMHYIYKINTHILRRIPPPSSAMYRRLQESVTRGDVPALRELIQLDEKSVEHATFGPHNNTILHVAAMFGHADYAAEVVGAWPEMAAAENAELETPLHHACRQGHLEIAKLLLEIDPWAAYKVNSRNESAFYAACERGRVLVVRHLAASFPGLLMLDMDMEATSLHVAASSGNIEIVKEIVKQRPDFAWRKNHHGCTPLHLACSKGHLEITRELVKLDSDLCLIPDGGGRTPLHCAAIKGRINIID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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