Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004418`

染色体: Chr03 坐标: 62335748-62344448 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004418`
名称	SmilChr03G004418
描述	potassium channel KAT3
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	62335748 - 62344448 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015242`
GeneID	`131015242`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015242`
原始查询	`LOC131015242`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	potassium channel KAT3
产物	potassium channel KAT3
Arabidopsis	`AT4G32650` (KAT3) potassium channel protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829400] identity=59.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0254200` - identity=50.7; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005249 (voltage-gated potassium channel activity); GO:0006813 (potassium ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00027 (cNMP_binding); PF00520 (Ion_trans); PF07885 (Ion_trans_2); PF11834 (KHA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015242

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057799529.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799529.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799529.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799529.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799529.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:62336745`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr3:62336784`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B5,C70
`Chr3:62336947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,A20,B22,C77,D4
`Chr3:62337638`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B42,B43,B61,B81
`Chr3:62337761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr3:62337791`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	32	A14,A23,A3,A9,B107,B109,B11,B114,B125,B133,B135,B138,B18,B21,B46,B48,B54,B57,B63,B91,B94,C15,C30,C36,C41,C58,C71,C9,D3,D4,D6,D8
`Chr3:62337803`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr3:62337808`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr3:62337947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr3:62337970`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B103,B118,B136,B47,D9
`Chr3:62337970`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B103,B118,B136,B47,D9
`Chr3:62337972`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B103,B118,B136

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799529.1

637 aa

318

637

Ion_trans

Ion_trans_2

cNMP_binding

KHA

PF00520 Ion_trans 72-316 aa PF07885 Ion_trans_2 222-314 aa PF00027 cNMP_binding 412-494 aa PF11834 KHA 569-636 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799529.1`	Pfam	`PF00520`	Ion_trans	Family	72	316	3.2e-43	148.4	Ion transport protein
`XP_057799529.1`	Pfam	`PF07885`	Ion_trans_2	Family	222	314	9.5e-14	51.8	Ion channel
`XP_057799529.1`	Pfam	`PF00027`	cNMP_binding	Domain	412	494	1.8e-15	57.4	Cyclic nucleotide-binding domain
`XP_057799529.1`	Pfam	`PF11834`	KHA	Family	569	636	6.7e-22	78.0	KHA, dimerisation domain of potassium ion channel

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943546.1
GATAAGTCAAAATCCCCTATGTATATCATATTACTATATTTTAAATAATTATCATAATCAAATAAGTATATTACTATTAACTGACATTTAGCATATAAAATTACGCAATATAGCTCTCATGACTCCCACTCCTTCCAAAAATAAACCTACATATAGTATTACTCCCGTGTTTTAGTTTTAGATTTTAGTTTTGAGAAATATAAGTATTAAAAAGAATAATATATTGAAAAAAGATGTCAGCGTCGGAGGGGAGGTCGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015242
ATGTCAGCGTCGGAGGGGAGGTCGGCGGATATGAGATCGCCGATGACGGCGGACATGAGATCGCCGGTGCCGCTGCTCTACCGGCGGCATTCGAGCGGCGAGATCAGAAATCTGGCGTCGATTTCCAGCAGTTTGCTGCCTGCTTTTGGTACAATTGTAGGAGAAGGAACTCCGACTTTGAAAGGATTTGTGATCGCACCTTACGATAGAAGATACAGGTGGTGGCAAACCTTTCTGGTGGTGCTGGTGGTTTACTCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799529.1
MSASEGRSADMRSPMTADMRSPVPLLYRRHSSGEIRNLASISSSLLPAFGTIVGEGTPTLKGFVIAPYDRRYRWWQTFLVVLVVYSAWASPFELAFRKMSTSALLPIDLVVDLCFGIDIVLTFFVAYLDKSTYLLIDDHKKIATRYISHMWFPMDVASTLPFQVIYRLLTGRMHYGDVFGFLNLLRLWRLRRVSELFSRLEKDTRFSYFWTRYIKLICVTLFAVHTAGCFYYWLAVHYHVSSDTWIGSQVPHFEQRSVWL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器