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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004347

染色体: Chr03 坐标: 61743903-61747334 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004347
名称SmilChr03G004347
描述probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD14
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向61743903 - 61747334 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015253
GeneID131015253
locus_tag-
NCBI NameLOC131015253
原始查询LOC131015253

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD14
产物probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD14
ArabidopsisAT4G32630 (AT4G32630)
ArfGap/RecO-like zinc finger domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829398]
identity=33.6; qcov=1.06; evalue=5.27e-70; confidence=low
RiceOs02g0208900 (OJ1006_A02.21-1)
-
identity=47.9; qcov=0.478; evalue=2.13e-62; confidence=medium
GOGO:0005096 (GTPase activator activity)
KEGG-
PfamPF01412 (ArfGap)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015253

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057799545.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057799545.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057799546.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799549.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799549.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:61744399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B13,B55,B78
Chr3:61744963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr3:61745438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr3:61745453 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr3:61745515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B140
Chr3:61745714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr3:61745800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B46,B61,B77,C44,C85
Chr3:61745833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,D9
Chr3:61745959 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B113,B15,C34
Chr3:61745974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,A5,B13,C59
Chr3:61746059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr3:61746076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799545.1
514 aa
N
1
257
514
ArfGap
C
PF01412 ArfGap 13-124 aa
XP_057799546.1
513 aa
N
1
256
513
ArfGap
C
PF01412 ArfGap 13-124 aa
XP_057799548.1
511 aa
N
1
256
511
ArfGap
C
PF01412 ArfGap 13-124 aa
XP_057799549.1
502 aa
N
1
251
502
ArfGap
C
PF01412 ArfGap 13-124 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799545.1 Pfam PF01412 ArfGap Domain 13 124 1.9e-27 96.4 Putative GTPase activating protein for Arf
XP_057799546.1 Pfam PF01412 ArfGap Domain 13 124 1.9e-27 96.4 Putative GTPase activating protein for Arf
XP_057799548.1 Pfam PF01412 ArfGap Domain 13 124 1.9e-27 96.4 Putative GTPase activating protein for Arf
XP_057799549.1 Pfam PF01412 ArfGap Domain 13 124 1.8e-27 96.5 Putative GTPase activating protein for Arf

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943562.1
AAACCGCCAAGATTCCCGCCTGGCCTCTCTGCCTCTTTTGCTAACATGAAATCATCATTCTCATTTCCTTCTACACTCCAAAAAAACTTTCCCTAATCCAATCTCCATTAATTTAGGGAGGGTTTCCATCAATCTTGTATATCTGAAGATTTATCAGAGTTTGTTTAGTTAGGAATACAAATTTGCAAAATGCCTCGTCGTGTGAAGGAAGAGGAGAAAGTCGAGAACATTATTCGCGGCCTTCTGAAGCAACCGGACAA...
XM_057943563.1
AAACCGCCAAGATTCCCGCCTGGCCTCTCTGCCTCTTTTGCTAACATGAAATCATCATTCTCATTTCCTTCTACACTCCAAAAAAACTTTCCCTAATCCAATCTCCATTAATTTAGGGAGGGTTTCCATCAATCTTGTATATCTGAAGATTTATCAGAGTTTGTTTAGTTAGGAATACAAATTTGCAAAATGCCTCGTCGTGTGAAGGAAGAGGAGAAAGTCGAGAACATTATTCGCGGCCTTCTGAAGCAACCGGACAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131015253
ATGCCTCGTCGTGTGAAGGAAGAGGAGAAAGTCGAGAACATTATTCGCGGCCTTCTGAAGCAACCGGACAATAGGAGATGCATCAACTGCTGCAGTTTGGGGCCGCAGTATGTCTGCACGACTTTCTGGACATTCGTCTGCACAAACTGCAGCGGAGTACACCGGGAGTTCACTCATCGCGTGAAATCAGTGTCAGTGGCAAAGTTCAGTGATGAAGAGATCATGTCTCTTCAAGCTGGTGGAAATGAGAGGGCCAAGCA...
LOC131015253
ATGCCTCGTCGTGTGAAGGAAGAGGAGAAAGTCGAGAACATTATTCGCGGCCTTCTGAAGCAACCGGACAATAGGAGATGCATCAACTGCTGCAGTTTGGGGCCGCAGTATGTCTGCACGACTTTCTGGACATTCGTCTGCACAAACTGCAGCGGAGTACACCGGGAGTTCACTCATCGCGTGAAATCAGTGTCAGTGGCAAAGTTCAGTGATGAAGAGATCATGTCTCTTCAAGCTGGTGGAAATGAGAGGGCCAAGCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057799545.1
MPRRVKEEEKVENIIRGLLKQPDNRRCINCCSLGPQYVCTTFWTFVCTNCSGVHREFTHRVKSVSVAKFSDEEIMSLQAGGNERAKQIYFKSWDPHHNSYPNSSNLQRLREFVRDVYIDRRYAGENSFNKQPLAQPSLQESRGGFCEWPSEMSRWGRRDDYLGRSPPVERGHSIFERSSSDRGLNLKDFLEERSPRNNQVVMPRSSSHRARSTRFEIVDDRFREDGSVKRYERGSGSGGRSPISLKSAASAFLEPPPRAA...
XP_057799546.1
MPRRVKEEEKVENIIRGLLKQPDNRRCINCCSLGPQYVCTTFWTFVCTNCSGVHREFTHRVKSVSVAKFSDEEIMSLQAGGNERAKQIYFKSWDPHHNSYPNSSNLQRLREFVRDVYIDRRYAGENSFNKQPLAQPSLQESRGGFCEWPSEMSRWGRRDDYLGRSPPVERGHSIFERSSSDRGLNLKDFLEERSPRNNQVVMPRSSSHRARSTRFEIVDDRFREDGSVKRYERGSGSGGRSPISLKSAASAFLEPPPRAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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