Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002314`

染色体: Chr01 坐标: 40123925-40125465 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002314`
名称	SmilChr01G002314
描述	putative RING-H2 finger protein ATL21A
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	40123925 - 40125465 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015278`
GeneID	`131015278`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015278`
原始查询	`LOC131015278`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative RING-H2 finger protein ATL21A
产物	putative RING-H2 finger protein ATL21A
Arabidopsis	`AT5G53110` (AT5G53110) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835391] identity=33.3; qcov=0.769; evalue=7.56e-16; confidence=low
Rice	`Os01g0113300` (OsRLCK3) - identity=31; qcov=0.607; evalue=4.81e-08; confidence=low
GO	GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG	-
Pfam	PF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015278

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057799600.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799600.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799600.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799600.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057799600.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:40124135`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B22,B67,B70,C29,C42,C65
`Chr1:40124137`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	12	A10,A16,A8,B130,B137,B42,B43,B63,B79,C4,C44,C58
`Chr1:40124900`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr1:40124902`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B40,B99,C85
`Chr1:40124902`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B40,B99,C85
`Chr1:40124962`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B25
`Chr1:40124962`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B25
`Chr1:40125075`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B119,B34
`Chr1:40125197`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C2
`Chr1:40125197`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799600.1

235 aa

118

235

GUB_WAK_bind

PF13947 GUB_WAK_bind 24-88 aa

XP_057799610.1

234 aa

117

234

GUB_WAK_bind

PF13947 GUB_WAK_bind 24-88 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799600.1`	Pfam	`PF13947`	GUB_WAK_bind	Domain	24	88	5.7e-12	46.6	Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
`XP_057799610.1`	Pfam	`PF13947`	GUB_WAK_bind	Domain	24	88	5.7e-12	46.6	Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943617.1
CTGATTTCTGAAAATAAGTTAAGTAGGATTAAATTGGGTATCCCAAAGTATTCTTTTTTCTCCAAAGTCGCCTTAGGCAATTGGTGAGTAGCTTCTTAGATAGTCTTATCTTATGTAATAAAGAGACAAAAAAACAAAGTCGTTGGCACATTGCAATTTTCCAGACAGCAGTTACCTGATTCTTTCCTTCCAATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCAACGTAACACACTCATCATCTCATCCATGGCCATG...

XM_057943627.1
TTTTTCTCCAAAGTCGCCTTAGGCAATTGGTGAGTAGCTTCTTAGATAGTCTTATCTTATGTAATAAAGAGACAAAAAAACAAAGTCGTTGGCACATTGCAATTTTCCAGACAGCAGTTACCTGATTCTTTCCTTCCAATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCAACGTAACACACTCATCATCTCATCCATGGCCATGGATGCTTTAATCTTGTGCTCTCTCCTTGTATTGAGTCTGACAACAGCTTCTTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131015278
ATGGCCATGGATGCTTTAATCTTGTGCTCTCTCCTTGTATTGAGTCTGACAACAGCTTCTTCAACCTCCTGCAAAGCAACCAAATGCAGCCTTCTCTCTCCCGAAATCCGACCCCCCTTCCGAATCGTGGGGTCTCCATGCGGCCTCTCTGAATTCACTCTCTCCTGCGACCTTCATAACCAAACCACCATCCGTTTTGACGGCACCGGAGATCTGGTCGTGAAGGCCATCTCATACCACTCCCGCCGCCTCACCCTCGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057799600.1
MAMDALILCSLLVLSLTTASSTSCKATKCSLLSPEIRPPFRIVGSPCGLSEFTLSCDLHNQTTIRFDGTGDLVVKAISYHSRRLTLADPNNCVHQVFFNLDLSLTPFTYYHSLHRYTYLNCSSKLLGGIEEEVPCLSGANHHVYVVEPSFPLPPSCSAVKTVAIPFSYSRYLSDGSFGLGLTWSPTREYYNYTVVSVMAVVLIVGMVLYAKYGGQLNQQKGEETLGEYEALKVVI

XP_057799610.1
MAMDALILCSLLVLSLTTASSTSCKATKCSLLSPEIRPPFRIVGSPCGLSEFTLSCDLHNQTTIRFDGTGDLVVKAISYHSRRLTLADPNNCVHQVFFNLDLSLTPFTYYHSLHRYTYLNCSSKLLGGIEEEVPCLSGANHHVYVVEPSFPLPPSCSAVKTVAIPFSYSRYLSDGSFGLGLTWSPTREYYNYTVSVMAVVLIVGMVLYAKYGGQLNQQKGEETLGEYEALKVVI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器