Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004340`

染色体: Chr03 坐标: 61713935-61716938 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004340`
名称	SmilChr03G004340
描述	syntaxin-32-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	61713935 - 61716938 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015285`
GeneID	`131015285`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015285`
原始查询	`LOC131015285`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	syntaxin-32-like
产物	syntaxin-32-like
Arabidopsis	`AT3G24350` (SYP32) syntaxin of plants 32 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822024] identity=66.6; qcov=1.03; evalue=9.23e-147; confidence=high
Rice	`Os01g0179200` - identity=67.9; qcov=1.03; evalue=1.6e-149; confidence=high
GO	GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0000149 (SNARE binding); GO:0005484 (SNAP receptor activity); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0006906 (vesicle fusion); GO:0012505 (endomembrane system); GO:0031201 (SNARE complex); GO:0048278 (GO:0048278)
KEGG	smil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05739 (SNARE); PF11416 (Syntaxin-5_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015285

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057799616.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.80000	`XP_057799616.1`
3	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057799616.1`
4	Vesicle	囊泡	0.20000	`XP_057799616.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799616.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:61714213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr3:61714261`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr3:61714603`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B88,C1,C68,D11
`Chr3:61714621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B88,C1,C68,D11
`Chr3:61714714`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr3:61714974`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr3:61715041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr3:61715080`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,B44,B65,C62
`Chr3:61715322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:61715415`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr3:61716503`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr3:61716531`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799616.1

337 aa

168

337

Syntaxin-5_N

SNARE

PF11416 Syntaxin-5_N 6-25 aa PF05739 SNARE 247-324 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799616.1`	Pfam	`PF11416`	Syntaxin-5_N	Family	6	25	6.4e-08	32.3	Syntaxin-5 N-terminal, Sly1p-binding domain
`XP_057799616.1`	Pfam	`PF05739`	SNARE	Domain	247	324	8.6e-25	87.1	SNARE domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943633.1
TGTTTATAGATTCAGACATTTTTGTATAATAGTGTTAAATGTTGTGACATTTTTAGTATAATATTTAAAACAAAAATTAAATATTGAATCAGCAGAAAATGCGTATGTGTGGTAAAAGAAATGGAAATAAACATATGTGTGGAAACGCTTGCAATCTACAACTATACACAATCAGAAGCGCATACAAATACATAATTTTACCCTCTTCTCGCAGATCTAGGGCTTCTGCAATTTCCTTCATTTCACTAATCTCAGGGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015285
ATGTCGGTGAAGAGCAATGCTTCTATTAGGGATCGGACGCAGGAGTTTTTAGGGATTGCGGAGAGGGCAAAGAAGTCAGTTTCGTTGCAGAATGGGCCCAGCAGCAGCGGAACCAAGCGGGAGGAGCCGCCGCGGTCGGCGGTGGCGATGCAATCGGAGTTCAACCGGAGGGCATCCAAAATTGGGTTTGGGATTCATCAGACCTCGCAGAAGCTAGCTAAGCTGGCAAAGCTGGCAAAGAGGACATCAGTATTTGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799616.1
MSVKSNASIRDRTQEFLGIAERAKKSVSLQNGPSSSGTKREEPPRSAVAMQSEFNRRASKIGFGIHQTSQKLAKLAKLAKRTSVFDDPTMEIQELTAVIKQDITALNSAVVDLQLLSNSRNENTSSDTTTHSTTVVDDLKNRLMSATKEFKEVLTMRTENLKVHDNRRQLFSSSASKSAANPFVRQRPLAAKASTSSSAATPLPWSDGTQASSQLFPKNQVDGESQPLLQQQQNQQQQQIVPLQDSYMQSRAEALQNVES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器