当前解析结果
SmilChr03G004433| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004433 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004433 |
| 描述 | GTP-binding protein At2g22870 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 62464715 - 62467536 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015288 |
|---|---|
| GeneID | 131015288 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015288 |
| 原始查询 | LOC131015288 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GTP-binding protein At2g22870 |
| 产物 | GTP-binding protein At2g22870 |
| Arabidopsis | AT5G11480 (AT5G11480)P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831019] identity=73.5; qcov=0.858; evalue=3.31e-136; confidence=high |
| Rice | Os01g0732200- identity=75.3; qcov=0.804; evalue=2.99e-130; confidence=high |
| GO | GO:0005525 (GTP binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01926 (MMR_HSR1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015288 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057799618.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.20000 | XP_057799618.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799618.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799618.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799618.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:62464951 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D9 |
Chr3:62464958 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C83 |
Chr3:62464979 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C83 |
Chr3:62465096 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,D9 |
Chr3:62465141 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D9 |
Chr3:62465147 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D9 |
Chr3:62465157 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D9 |
Chr3:62465190 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D9 |
Chr3:62465213 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,B11,B27 |
Chr3:62465219 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,D9 |
Chr3:62465348 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B136,B20,B55,C38 |
Chr3:62465372 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,C72 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799618.1PF01926
MMR_HSR1 137-254 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799618.1 |
Pfam | PF01926 |
MMR_HSR1 | Family | 137 | 254 | 9.5e-19 | 68.3 | 50S ribosome-binding GTPase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。