Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004430`

染色体: Chr03 坐标: 62457520-62460404 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004430`
名称	SmilChr03G004430
描述	rhomboid-like protein 11, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	62457520 - 62460404 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015291`
GeneID	`131015291`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015291`
原始查询	`LOC131015291`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rhomboid-like protein 11, chloroplastic
产物	rhomboid-like protein 11%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G25640` (AT5G25640) Rhomboid-related intramembrane serine protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832640] identity=56.5; qcov=0.742; evalue=1.27e-75; confidence=high
Rice	`Os05g0220600` (OsRhmbd12) - identity=67.9; qcov=0.749; evalue=3.3e-100; confidence=high
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01694 (Rhomboid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015291

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057799622.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057799622.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799622.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799622.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799622.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:62457858`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr3:62457875`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr3:62457913`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr3:62458506`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,C72
`Chr3:62459195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,C23,C8
`Chr3:62460089`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr3:62460092`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr3:62460093`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,A3,C33
`Chr3:62460128`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,A3,C33,D10
`Chr3:62460131`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr3:62460149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,C37,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799622.1

279 aa

140

279

Rhomboid

PF01694 Rhomboid 122-271 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799622.1`	Pfam	`PF01694`	Rhomboid	Domain	122	271	1.8e-26	93.8	Rhomboid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943639.1
GGTATAAATATATATATATTTTTTCTCAATGTAATTAATTCTCTCGTTTCTCACCACAAACAAAGCACCCACAAACGTTTTCTCAAAAAAAAATAAAAAAATCACAAAACTTCATACTACAATTTTCTAGGATTTGTGTTCGCGCTGCTTCGGCAGAATTGCGATTTCATCGATGTGGATGTGATCTTCTTCGAATCGTTGTGCCAAATTTTCATTTGGATTGTTTTAATCGAAGAGCAGAAAAATGATTCAGCTCCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015291
ATGATTCAGCTCCATCTTCAGCTTCAGCAGCAGAAGCAGTTTCTCGCAGTGCCGAAATTCCATGGCGCCCGTCCCTTCAAACTTCCGGCAGCGGCGGCGATTTGCCCTCCTCCTCCCGAAGATAGTCGAGTTACCTTTGGATTACGGGCGAAGCCGATTTCCCGATTGTTGCTCTGTAGAGTGAAGGATAATTCAGACATTATATCACAGCTGGAACTTGGTAAGCCCGAAGAGAAAAGGAAGGCGGATAAGCGTGTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799622.1
MIQLHLQLQQQKQFLAVPKFHGARPFKLPAAAAICPPPPEDSRVTFGLRAKPISRLLLCRVKDNSDIISQLELGKPEEKRKADKRVNGIFWILLINIGIYVADHVFQVPLIKELYLYHNQPAWYQFITSTFCHFNWSHLSSNLFFLYIFGKLVEEEEGNFALWLSYILTGAGANLVSWLVLPRNAVSIGASGAVFGLFAVSVLVKMSWDWRKILEVLILGQFVVEKVMEAAQASASLGGSFRGGGYAMQNVNHIAHLSGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器