当前解析结果
SmilChr03G004431| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004431 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004431 |
| 描述 | protein sym1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 62460858 - 62462834 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015296 |
|---|---|
| GeneID | 131015296 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015296 |
| 原始查询 | LOC131015296 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein sym1-like |
| 产物 | protein sym1-like |
| Arabidopsis | AT3G24570 (AT3G24570)Peroxisomal membrane 22 kDa (Mpv17/PMP22) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822053] identity=56.8; qcov=0.955; evalue=2.69e-94; confidence=high |
| Rice | Os01g0228300- identity=55.8; qcov=0.914; evalue=9.7e-92; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF04117 (Mpv17_PMP22) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015296 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057799629.1 |
| 2 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.40000 | XP_057799629.1 |
| 3 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.40000 | XP_057799629.1 |
| 4 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057799629.1 |
| 5 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057799629.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:62461311 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B27,C51,C78,C81 |
Chr3:62462240 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr3:62462448 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,D11 |
Chr3:62462518 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B40 |
Chr3:62462521 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B60,B71,C23,C42,C62 |
Chr3:62462577 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr3:62462603 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B109,B24,B32,B83,C81 |
Chr3:62462632 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:62462637 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:62462644 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B127,B91,C57,C64,C66 |
Chr3:62462658 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C70 |
Chr3:62462675 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799629.1PF04117
Mpv17_PMP22 129-189 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799629.1 |
Pfam | PF04117 |
Mpv17_PMP22 | Family | 129 | 189 | 1.7e-19 | 70.3 | Mpv17 / PMP22 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。