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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004530

染色体: Chr03 坐标: 63342244-63346934 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004530
名称SmilChr03G004530
描述leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase SKM1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63342244 - 63346934 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015328
GeneID131015328
locus_tag-
NCBI NameLOC131015328
原始查询LOC131015328

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase SKM1
产物leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase SKM1
ArabidopsisAT2G25790 (AT2G25790)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817121]
identity=48.6; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0111800 (OsCLVATA)
-
identity=33.7; qcov=1.02; evalue=2.71e-160; confidence=low
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015328

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799667.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799667.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799667.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799667.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799667.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63342516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,C70,C75
Chr3:63342545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:63342574 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A16
Chr3:63342574 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A16
Chr3:63342606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B86
Chr3:63342635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:63342651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,B6,B71,B72,D11
Chr3:63342655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B107,B45,B63,B86
Chr3:63342741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B127,C38
Chr3:63342762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B29,B55,B88
Chr3:63343707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr3:63343956 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799667.1
959 aa
N
1
480
959
LRRNT_2
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 29-66 aa PF00560 LRR_1 98-117 aa PF13516 LRR_6 116-132 aa PF00560 LRR_1 119-137 aa PF00560 LRR_1 142-163 aa PF00560 LRR_1 166-188 aa PF00560 LRR_1 214-236 aa PF00560 LRR_1 239-260 aa PF00560 LRR_1 262-283 aa PF00560 LRR_1 286-308 aa PF00560 LRR_1 310-332 aa PF00560 LRR_1 334-354 aa PF00560 LRR_1 358-378 aa PF00560 LRR_1 406-428 aa PF00560 LRR_1 454-475 aa PF00560 LRR_1 477-499 aa PF13855 LRR_8 477-536 aa PF00560 LRR_1 526-545 aa PF00069 Pkinase 738-822 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 740-823 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799667.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 66 2.5e-10 41.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 98 117 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 116 132 7.3e-07 29.5 Leucine Rich repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 119 137 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 142 163 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 166 188 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 214 236 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 239 260 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 262 283 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 286 308 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 310 332 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 334 354 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 358 378 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 406 428 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 454 475 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 477 499 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 477 536 2.1e-50 169.1 Leucine rich repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 526 545 8e-62 192.5 Leucine Rich Repeat
XP_057799667.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 738 822 4.8e-11 43.3 Protein kinase domain
XP_057799667.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 740 823 2.8e-15 57.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943684.1
AAAGAGTATTTTGGTAATATCCCACAAAAGCTATGGCTTTTCACCCAACATCTGTCCCCTCCCCCTTATATATTTTTATGAGAGAGAGAGAGAAAAGAGAGAGAGATTTAAGAAGTGAAGCTTAGCTAGTTGAGAAGCTGAATTCTCGTATATATCTACAATTTTCTCTGTCCAAATATTTGGGTGACATCCTCTTATCTATTTATATGCATCACCAATTCACAAATTCTTGCCACAAACACTACTATTTCTCTTCACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015328
ATGGCGAAGGGAATCTCGAAAACATACGGAATCTTCGTGTTCGTGTTCGTGTCCGTGTTTTCTGCATGCAGAGGTTTCGAAGGTTCGGAGCTCGAACTACTTATATCAGTGAAATCTTCAATCAATGATCAATTTGGGGCACTCAGCAACTGGAATTCCTCAGTCCCCTTCTGCAAATGGAACGGAATCTCCTGCAGCTTCGATTCGTCCCACGTTTCGAAGATTCAGCTGCCCGGAAAGAATCTCTCGGGGAAGATTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799667.1
MAKGISKTYGIFVFVFVSVFSACRGFEGSELELLISVKSSINDQFGALSNWNSSVPFCKWNGISCSFDSSHVSKIQLPGKNLSGKIPESIFRFPYVDSIDLSNNQLSGEIPRNLSHCLSLKHLNLSSNNLTGAVPTGPPPLLETLDVSDNILSGELPADIGRLFPSLKVLDVGGNALVGRIPSSVANLTELEFLTLASNQFSGEILRNLAGMKRLRWVYLGYNNFTGEIPAEIGGLAALRHLDLVYNNFSGGIPPSLGNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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