Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004528`

染色体: Chr03 坐标: 63327155-63332864 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004528`
名称	SmilChr03G004528
描述	homeobox-leucine zipper protein ATHB-8
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	63327155 - 63332864 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015330`
GeneID	`131015330`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015330`
原始查询	`LOC131015330`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	homeobox-leucine zipper protein ATHB-8
产物	homeobox-leucine zipper protein ATHB-8
Arabidopsis	`AT4G32880` (HB-8) homeobox-leucine zipper protein ATHB-8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829424] identity=80; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0640800` (OsHB4) - identity=70.3; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0008289 (lipid binding)
KEGG	-
Pfam	PF00046 (Homeodomain); PF01852 (START); PF08670 (MEKHLA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015330

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057799670.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057799670.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057799670.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799670.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799670.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:63328294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B13,C76
`Chr3:63328365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C6,C79
`Chr3:63328374`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B103,B7,B93,C2
`Chr3:63328389`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr3:63328409`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B31,C28
`Chr3:63328440`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B109,B59
`Chr3:63328628`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:63328631`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B36,B71
`Chr3:63328634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B49,B79,C9,D11
`Chr3:63328673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr3:63328688`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr3:63328725`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799670.1

839 aa

420

839

Homeodomain

START

MEKHLA

PF00046 Homeodomain 18-76 aa PF01852 START 162-370 aa PF08670 MEKHLA 696-838 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799670.1`	Pfam	`PF00046`	Homeodomain	Domain	18	76	7.4e-16	58.4	Homeodomain
`XP_057799670.1`	Pfam	`PF01852`	START	Domain	162	370	8.3e-55	186.1	START domain
`XP_057799670.1`	Pfam	`PF08670`	MEKHLA	Domain	696	838	1.3e-47	162.0	MEKHLA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943687.1
ACAGCAGAAAGCAAAACAAGCAGCAAAAAAGAACATCCAAACTGATTTCACTCCCTAAAAATGGTCTCCACTTCCACCTTCTGTCCCCTCTCTTCTATATCTCTATACATACACACACACACACATCAAAACTTCCTCATTTCACTCCTACACACACACACACACACACACACCATATGTGTATAATATGAAATCTTGAGCTAGCGATCTCGGAAGCCGATTCAGCTCATTAGCTAATATTATTTCTTGATCGCGTAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015330
ATGATGGCGGTGACCTCTGCCTGCAAGGACAAAATGGGGATAGACAATGGCAAGTATGTGAGGTACACCCCGGAGCAGGTGGACGCTTTGGAGAGGTTGTACCACGAGTGCCCGAAGCCGAGCTCGTTGCGCCGGCAGCAGCTCATCAGGGAGTGCCCTATCCTCTCCAACATTGAGCCTAAGCAGATCAAAGTTTGGTTCCAAAACAGAAGATGTAGGGAAAAGCAGCGGAAAGAGGCGTCGCGCCTTCAAGCTGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799670.1
MMAVTSACKDKMGIDNGKYVRYTPEQVDALERLYHECPKPSSLRRQQLIRECPILSNIEPKQIKVWFQNRRCREKQRKEASRLQAVNRKLTAMNKLLMEENDRLQKQVSHLVYENSFFRQQTQNGTLASTDNSCESVVTSGQHHLTPQDPPKDASPAGLLSIAEETLTEFLSKATGTAVEWVQMPGMKPGPDSIGIIAISHGCSGVASRACGLVGLEPTRVAEILKDRPSWYRDCRAVDVLNVMSTGNGGTIELMYMQLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器