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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004519`

染色体: Chr03 坐标: 63265610-63268258 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004519`
名称	SmilChr03G004519
描述	carotenoid cleavage dioxygenase 8 homolog B, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	63265610 - 63268258 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015360`
GeneID	`131015360`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015360`
原始查询	`LOC131015360`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	carotenoid cleavage dioxygenase 8 homolog B, chloroplastic
产物	carotenoid cleavage dioxygenase 8 homolog B%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT4G32810` (CCD8) carotenoid cleavage dioxygenase 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829417] identity=62.8; qcov=0.946; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0746400` (D10) - identity=75.4; qcov=0.864; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009507 (chloroplast); GO:0010436 (carotenoid dioxygenase activity); GO:0016121 (carotene catabolic process)
KEGG	smil00906 (Carotenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03055 (RPE65)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057799718.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057799718.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799718.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799718.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057799718.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:63265685`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr3:63265733`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr3:63265737`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	A1,B105,B42,B43,B57,C44,D3
`Chr3:63265776`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B60,B71,C26,C31
`Chr3:63265806`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B21,C1,C33,C37
`Chr3:63265834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C43
`Chr3:63266350`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr3:63266389`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,D10
`Chr3:63266422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B35,C23,C77
`Chr3:63266437`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr3:63266467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B46
`Chr3:63266485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799718.1

559 aa

280

559

RPE65

PF03055 RPE65 81-557 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799718.1`	Pfam	`PF03055`	RPE65	Repeat	81	557	1.4e-99	335.1	Retinal pigment epithelial membrane protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943735.1
TACCACAAACAAACACACACACACACACACACACACTTATCAACTCGTTAGCATCAATGGCTTCTCTCAACATTCCTCCCACAAAACCCTACAATCGCTCGAAAAGAATCGATAGCTTTAATCGAGTCAGACACGAGCACTCGTCCTTCCTCGGGAAAACATTCCCGAGTAGGGATTTGTCGGAAAATCGCCCTCCGTTAACCGTCTCAAAAGTTGCAACAAAACCACCTTCGGAAATCGTTGCTCCCTCAAAGCAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015360
ATGGCTTCTCTCAACATTCCTCCCACAAAACCCTACAATCGCTCGAAAAGAATCGATAGCTTTAATCGAGTCAGACACGAGCACTCGTCCTTCCTCGGGAAAACATTCCCGAGTAGGGATTTGTCGGAAAATCGCCCTCCGTTAACCGTCTCAAAAGTTGCAACAAAACCACCTTCGGAAATCGTTGCTCCCTCAAAGCAAGAAGATGCAAATATTGATAGGAATCATATTGCATGGACAAGTGTTAGGCATGAGAGATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799718.1
MASLNIPPTKPYNRSKRIDSFNRVRHEHSSFLGKTFPSRDLSENRPPLTVSKVATKPPSEIVAPSKQEDANIDRNHIAWTSVRHERWQGELHVQGEIPLWLKGTYLRNGPGLWHIGDYNFRHLFDGYATIVRLHFEDGRLVMGHRQVESEAYKASQKNKKLCYREFSEAPKTDNFLAYIGDLANLFSGASLTDNANTGVIRLGDGRVVCLTETIKGSIVIDPDTLDTLERFEYSDNLGGLVHSAHPIVTDSEFLTLLPDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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