当前解析结果
SmilChr03G004592| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004592 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004592 |
| 描述 | zinc transporter 4, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 63748546 - 63751407 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131015388 |
|---|---|
| GeneID | 131015388 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015388 |
| 原始查询 | LOC131015388 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | zinc transporter 4, chloroplastic |
| 产物 | zinc transporter 4%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G10970 (ZIP4)zinc transporter [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837640] identity=64.3; qcov=0.931; evalue=1.42e-158; confidence=high |
| Rice | Os06g0566300 (OsZIP10)- identity=59.5; qcov=0.921; evalue=1.86e-119; confidence=high |
| GO | GO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0071577 (zinc ion transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02535 (Zip) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015388 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057799752.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799752.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799752.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799752.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057799752.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:63748700 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,B65,C9 |
Chr3:63748775 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B140,B42,B43 |
Chr3:63748799 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B130,B18,B64,B71,B89 |
Chr3:63748821 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B66 |
Chr3:63748847 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,C49 |
Chr3:63748883 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B114,C79 |
Chr3:63748995 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B48,C76 |
Chr3:63749281 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B82,C79 |
Chr3:63749332 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B82,C79 |
Chr3:63749581 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C28,C49 |
Chr3:63749596 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B130,B18,B71 |
Chr3:63749653 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B42,B43 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799752.1PF02535
Zip 58-415 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799752.1 |
Pfam | PF02535 |
Zip | Family | 58 | 415 | 1.9e-84 | 284.4 | ZIP Zinc transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。