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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004592

染色体: Chr03 坐标: 63748546-63751407 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004592
名称SmilChr03G004592
描述zinc transporter 4, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63748546 - 63751407 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015388
GeneID131015388
locus_tag-
NCBI NameLOC131015388
原始查询LOC131015388

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc transporter 4, chloroplastic
产物zinc transporter 4%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G10970 (ZIP4)
zinc transporter [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837640]
identity=64.3; qcov=0.931; evalue=1.42e-158; confidence=high
RiceOs06g0566300 (OsZIP10)
-
identity=59.5; qcov=0.921; evalue=1.86e-119; confidence=high
GOGO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0071577 (zinc ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02535 (Zip)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015388

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799752.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799752.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799752.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799752.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799752.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63748700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B65,C9
Chr3:63748775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B140,B42,B43
Chr3:63748799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B18,B64,B71,B89
Chr3:63748821 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr3:63748847 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C49
Chr3:63748883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B114,C79
Chr3:63748995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C76
Chr3:63749281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B82,C79
Chr3:63749332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B82,C79
Chr3:63749581 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C49
Chr3:63749596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B18,B71
Chr3:63749653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B42,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799752.1
418 aa
N
1
209
418
Zip
C
PF02535 Zip 58-415 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799752.1 Pfam PF02535 Zip Family 58 415 1.9e-84 284.4 ZIP Zinc transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943769.1
ATGTACAACAAAAACTTTCAAATGTAAGTAAATAAAATCAGAAAAAATATATATATAAAAAGAAAATTACATAATGGTGTCGACACCATCGCTCTGATTCTCTGAATCTCTACTCAACATCCCCTGTTTCATCCCTCTCCTCTGCCTTCTCTCTCTAAAAATGTCAACATTCCCTCTCTCTCTCTCTACATCCTCGCATCTCGACGTCATCTCTATAAATACCTTTATTCCTCCGCTTTTCAACGGACACCATCGCCGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015388
ATGTCGTTTCTTGAGGATTTGTTGCCGGTTGTGTGGGGAGGGGAATTTGGGGAGAGGATTCGAGTTTATTCTGGCTCATTTGTGCAGAAAATATCCCATTCCATGTCGAACACTGAGTGTGATGCCCATCTTGAAGAAGATGAAGGATGCCTAGACTACTCGTATGCTCTCATCCTTAAGCTCGTTGCAATCGCTGCAATCCTCGTTATGGGAGTTGGTGGTGTGGCCATTCCGTTAGTTGGAAAGAAGCGCCGGTTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799752.1
MSFLEDLLPVVWGGEFGERIRVYSGSFVQKISHSMSNTECDAHLEEDEGCLDYSYALILKLVAIAAILVMGVGGVAIPLVGKKRRFLRTDSNLFVAAKAFAAGVILATGFVHMLPDATRALTNACLPKYPWLKFPFSGFIAMMAALGTLLADFVGTQYYERKQRKQEEESQIAKADSSETGSESGIVPVETRGGATKVFGAEEGGAMHIVGMHAHAAHHRHSHSQEQGSCQGHRAEDQHGHSHSHSLGFQGGDDDEDNTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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