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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004565

染色体: Chr03 坐标: 63579932-63587672 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004565
名称SmilChr03G004565
描述uncharacterized SmilChr03G004565
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63579932 - 63587672 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015410
GeneID131015410
locus_tag-
NCBI NameLOC131015410
原始查询LOC131015410

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述3'-5' exonuclease domain-containing protein / K homology domain-containing protein / KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817132]; symbol=AT2G25910; hit=AT2G25910; species=arabidopsis; confidence=high
产物3'-5' exonuclease domain-containing protein / K homology domain-containing protein / KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817132]; symbol=AT2G25910; hit=AT2G25910; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G25910 (AT2G25910)
3'-5' exonuclease domain-containing protein / K homology domain-containing protein / KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817132]
identity=72.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0566900
-
identity=69.4; qcov=0.924; evalue=4.29e-166; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0006139 (nucleobase-containing compound metabolic process); GO:0008408 (3'-5' exonuclease activity)
KEGG-
PfamPF00013 (KH_1); PF01612 (DNA_pol_A_exo1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015410

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057799776.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057799776.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057799777.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799776.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799776.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63580081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,D5
Chr3:63580963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,D11
Chr3:63580972 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C48
Chr3:63580972 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C48
Chr3:63580976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr3:63581550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,C46,C55
Chr3:63583990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799776.1
349 aa
N
1
174
349
DNA_pol_A_exo1
KH_1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 52-228 aa PF00013 KH_1 282-340 aa
XP_057799777.1
340 aa
N
1
170
340
DNA_pol_A_exo1
KH_1
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 43-219 aa PF00013 KH_1 273-331 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799776.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 52 228 2.6e-21 76.9 3'-5' exonuclease
XP_057799776.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 282 340 1.9e-11 44.3 KH domain
XP_057799777.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 43 219 2.4e-21 77.0 3'-5' exonuclease
XP_057799777.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 273 331 1.8e-11 44.3 KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943794.1
GTTATATTTTAGAGGAACTGTACAGAACCGGACGCAAGCGAGCCGGAGGCGGTATGAAGTTTGTGTGTTTAAATAGACGCTGAATCCATATGGAATTTTCCAAAACTCTGACATGGCGTCCCCTCCTAAGACCCACATTCCGCTGCCTCCGGACCCTGGTGACAAATCCTTAGACAGTGAAGCATGTTTGCCTTCAGTTCCTATCCATGTTGTCACCCATGCATCTCAACTTCCGGAAGAATTCCTACACCCTTCATGTG...
XM_057943793.1
TTCCAAAACTCTGACATGGCGTCCCCTCCTAAGACCCACATTCCGCTGCCTCCGGACCCTGAAGTGCATTCTCTCTTATTTTTTGCAGGTGACAAATCCTTAGACAGTGAAGCATGTTTGCCTTCAGTTCCTATCCATGTTGTCACCCATGCATCTCAACTTCCGGAAGAATTCCTACACCCTTCATGTGAAAAACAATTGGTCATAGGCTTTGATTGTGAGGGGGTTGATCTTTGCCGGCAGGGGACGCTTTGTATTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131015410
ATGGCGTCCCCTCCTAAGACCCACATTCCGCTGCCTCCGGACCCTGAAGTGCATTCTCTCTTATTTTTTGCAGGTGACAAATCCTTAGACAGTGAAGCATGTTTGCCTTCAGTTCCTATCCATGTTGTCACCCATGCATCTCAACTTCCGGAAGAATTCCTACACCCTTCATGTGAAAAACAATTGGTCATAGGCTTTGATTGTGAGGGGGTTGATCTTTGCCGGCAGGGGACGCTTTGTATTATGCAGCTTGCTTTTCC...
LOC131015410
ATGGCGTCCCCTCCTAAGACCCACATTCCGCTGCCTCCGGACCCTGGTGACAAATCCTTAGACAGTGAAGCATGTTTGCCTTCAGTTCCTATCCATGTTGTCACCCATGCATCTCAACTTCCGGAAGAATTCCTACACCCTTCATGTGAAAAACAATTGGTCATAGGCTTTGATTGTGAGGGGGTTGATCTTTGCCGGCAGGGGACGCTTTGTATTATGCAGCTTGCTTTTCCAAATGCAATATACCTTGTTGATGCCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057799776.1
MASPPKTHIPLPPDPEVHSLLFFAGDKSLDSEACLPSVPIHVVTHASQLPEEFLHPSCEKQLVIGFDCEGVDLCRQGTLCIMQLAFPNAIYLVDAIEGGETLVKACKPALESSYITKVIHDCKRDSEALYFQFGIKLHNVVDTQIAYSLIKEQEGQKRVPDDYISFVGLLADPQFGGISYVEKEEVRVLLRQDPNFWTYRPLSELMVRAAADDVRFLLFIYHKMVEKLNERSLWYLAVRGALYCRCFCINDNNFADWPAL...
XP_057799777.1
MASPPKTHIPLPPDPGDKSLDSEACLPSVPIHVVTHASQLPEEFLHPSCEKQLVIGFDCEGVDLCRQGTLCIMQLAFPNAIYLVDAIEGGETLVKACKPALESSYITKVIHDCKRDSEALYFQFGIKLHNVVDTQIAYSLIKEQEGQKRVPDDYISFVGLLADPQFGGISYVEKEEVRVLLRQDPNFWTYRPLSELMVRAAADDVRFLLFIYHKMVEKLNERSLWYLAVRGALYCRCFCINDNNFADWPALPPVPETLIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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