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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004626

染色体: Chr03 坐标: 63919830-63923389 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004626
名称SmilChr03G004626
描述probable magnesium transporter NIPA9
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63919830 - 63923389 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015412
GeneID131015412
locus_tag-
NCBI NameLOC131015412
原始查询LOC131015412

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable magnesium transporter NIPA9
产物probable magnesium transporter NIPA9
ArabidopsisAT5G11960 (AT5G11960)
magnesium transporter, putative (DUF803) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831069]
identity=74; qcov=0.997; evalue=4.99e-180; confidence=high
RiceOs01g0708300
-
identity=69.9; qcov=0.849; evalue=7.39e-146; confidence=high
GOGO:0015095 (magnesium ion transmembrane transporter activity); GO:0015693 (magnesium ion transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015412

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057799778.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057799778.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057799778.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799778.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799778.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63920142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B45
Chr3:63920217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B32,D3
Chr3:63920247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B56,B7,B96,C40
Chr3:63920261 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B26
Chr3:63920261 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B26
Chr3:63920268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr3:63920271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:63920578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:63920635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B45
Chr3:63921059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B32,D3
Chr3:63921077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C80
Chr3:63921784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943795.1
GCGCATATTCTATTTCAATGGAATATCAAATTTGTCAAAATCCGAATTTAGGAGTATTTATTGCTGGAAAAACGACGAAGATCTGCGATAAATTGATAATCGACAGAGATCTTTGGTGCGCTTCGAAATCTACGCAATTCACACCATCTTCTCCTTCCATTTATGCACAATTACATCAATCGCTGCGCGCAGAAACGAAGAACAAATTAGCAAAAATAAGAATTGATTAGAGAGAGGGAGAGATGTGGGAATCAATATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015412
ATGTGGGAATCAATATGCTTAACGATTGCGGCTACCGCCGGAAACAACATTGGCAAAGTGCTCCAGAAAAAGGGCACCCTCATTCTCCCACCTCTCTCTTTCAAGCTCAAGGTGATAAGAGCATATGCTTCTAACAGTGCTTGGATAATCGGGTTTTTGATGGATATTTTTGGGGCTGTCTTGATGTTGCTTGCACTATCTCAGGCTCCTGTATCGGTGATTCAACCTGTTTCTGGCTGCGGGCTTGCTATCCTCTCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799778.1
MWESICLTIAATAGNNIGKVLQKKGTLILPPLSFKLKVIRAYASNSAWIIGFLMDIFGAVLMLLALSQAPVSVIQPVSGCGLAILSVFSHFYLKEIMNAIDWIGIALAGIGTIGVGAGGEEQKSPSISIIYLPWLAFVVAFVFVLLNGWLRVYRRQRREQELMQYEVVEEIIYGLESGILFGIASVISKMGFLFLEQGSSKLLLPVCVSISITCSASGFICQTRGLKHGRAIVVSTCAAVASIVTGVLAGMFALGERLPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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