当前解析结果
SmilChr03G004517| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004517 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004517 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G004517 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 63210883 - 63215270 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015448 |
|---|---|
| GeneID | 131015448 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015448 |
| 原始查询 | LOC131015448 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os05g0596200; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os05g0596200; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G11600 (AT5G11600)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831032] identity=52.5; qcov=0.971; evalue=1.67e-48; confidence=medium |
| Rice | Os05g0596200- identity=70.2; qcov=0.608; evalue=9.8e-49; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015448 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057799842.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.60000 | XP_057799842.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057799842.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799842.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057799842.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:63211406 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr3:63211409 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C83 |
Chr3:63211409 |
T |
TA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr3:63211446 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B101,B140 |
Chr3:63211462 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A13,B105,B106,B121,B29,B30,B69,B8,B86,C13,C29,C33,C36,C38,C45,C65,C80 |
Chr3:63211511 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C18,D5 |
Chr3:63211519 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C42,C62 |
Chr3:63212518 |
TTA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 37 | A15,A18,B101,B103,B125,B13,B132,B133,B139,B19,B20,B21,B27,B3,B49,B5,B54,B57,B58,B61,B67,B77,B8,B80,B81,B82,B86,B94,C13,C22,C31,C40,C46,C58,C7,C78,C87 |
Chr3:63212525 |
TCA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 36 | A15,A18,B101,B103,B125,B13,B132,B133,B139,B19,B20,B21,B27,B3,B49,B5,B54,B57,B58,B61,B67,B77,B8,B80,B81,B82,B86,B94,C13,C22,C31,C40,C46,C58,C7,C87 |
Chr3:63212531 |
TCC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 38 | A15,A18,B101,B103,B125,B13,B132,B133,B139,B19,B20,B21,B27,B3,B49,B5,B54,B57,B58,B61,B67,B77,B8,B80,B81,B82,B86,B94,B98,C13,C22,C31,C40,C46,C58,C7,C87,D4 |
Chr3:63213364 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr3:63213397 |
A |
ATC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 12 | A13,B121,B139,B19,B61,B69,B72,B86,C11,C51,C69,C70 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。