当前解析结果
SmilChr03G004571| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004571 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004571 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G004571 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 63618435 - 63621305 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015459 |
|---|---|
| GeneID | 131015459 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015459 |
| 原始查询 | LOC131015459 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829430]; symbol=AT4G32930; hit=AT4G32930; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829430]; symbol=AT4G32930; hit=AT4G32930; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT4G32930 (AT4G32930)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829430] identity=64.7; qcov=1.01; evalue=2.91e-78; confidence=high |
| Rice | Os01g0565600 (P0697C12.21-1)- identity=56; qcov=1; evalue=2.23e-64; confidence=high |
| GO | GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05907 (CXXC_Zn-b_euk) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015459 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057799861.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057799861.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799861.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057799861.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057799861.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:63618695 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B135,B21,B33,B41,C9 |
Chr3:63619980 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:63620007 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B127,B48,B78,C20 |
Chr3:63620019 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr3:63620046 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,C82 |
Chr3:63620088 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799861.1PF05907
CXXC_Zn-b_euk 6-162 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799861.1 |
Pfam | PF05907 |
CXXC_Zn-b_euk | Family | 6 | 162 | 2.8e-50 | 170.9 | CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。