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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004595

染色体: Chr03 坐标: 63771099-63773539 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004595
名称SmilChr03G004595
描述uncharacterized SmilChr03G004595
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63771099 - 63773539 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015461
GeneID131015461
locus_tag-
NCBI NameLOC131015461
原始查询LOC131015461

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015461

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799863.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057799863.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799863.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799863.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799863.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63772685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:63772738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C43,C49
Chr3:63772741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:63772767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D6
Chr3:63772814 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A2
Chr3:63772814 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A2
Chr3:63772836 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 27 A10,A3,B107,B115,B125,B137,B15,B20,B35,B45,B46,B52,B59,B63,B69,B77,B79,B86,B95,C19,C25,C38,C42,C45,C49,C54,C87
Chr3:63772838 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 27 A10,A3,B107,B115,B125,B137,B15,B20,B35,B45,B46,B52,B59,B63,B69,B77,B79,B86,B95,C19,C25,C38,C42,C45,C49,C54,C87
Chr3:63772865 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C9
Chr3:63772924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C47
Chr3:63772925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr3:63773289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943880.1
CGAATCATTTACATTTTTCACTTTCACTTTCACTTTCATCTAGGGCTTGAGAATCAAAAAAACCGCAGGCATCTGTGCAGTCGACGAAGGATCGATCTGCACGCCGGCGACGAAGGACCGATCTGCACGCCGGCGACGAAGCATCGGTCACAGGGTGTTATTCGGCGGCGGTTTCGTCGATCTGTGCAAGGGCTGTGCAAGGTTCGAAATTTTCCCTTCTGTGCAAGGAGGCCGATTAATCCAAGAGGGGGGCTTCCGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015461
ATGAGGAAACTACATAAGTTAGTTTTGATTCGGAAGGACATGGAAGCAATGATTGAACTCACGAAAACTGTTGATGTTGTCGACGATGGCTTGAAGAAAGCAATAACTGAGGCAATGATGGAGTTGGGACTCCAAGATATGAGTAGCCCTCCAATGAATGCAATGGACAACACACAGTTTTGGAATGAAGTGATTGATGCCAGCATTGAAATAGAATCCACTTACGAAAAGCGTAGGGAAAGAATGGTTGACTTGTCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799863.1
MRKLHKLVLIRKDMEAMIELTKTVDVVDDGLKKAITEAMMELGLQDMSSPPMNAMDNTQFWNEVIDASIEIESTYEKRRERMVDLSGGPTFDLGISQMGMDTGDQHGEMQTEEVGIEKDKCVGHSDDGQIEIYDHGQTKDIVVGPLPRRSKRKMVKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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