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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004561

染色体: Chr03 坐标: 63558012-63560227 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004561
名称SmilChr03G004561
描述early nodulin-93-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向63558012 - 63560227 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015476
GeneID131015476
locus_tag-
NCBI NameLOC131015476
原始查询LOC131015476

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-93-like
产物early nodulin-93-like
ArabidopsisAT5G25940 (AT5G25940)
early nodulin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832663]
identity=64.1; qcov=0.936; evalue=5.06e-26; confidence=medium
RiceOs02g0227200 (OsENOD93b)
-
identity=55.7; qcov=0.8; evalue=3.06e-24; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03386 (ENOD93)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015476

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057799883.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057799883.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057799883.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799883.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799883.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:63558319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr3:63558769 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A2
Chr3:63558769 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A2
Chr3:63558772 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799883.1
110 aa
N
1
55
110
ENOD93
C
PF03386 ENOD93 25-107 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799883.1 Pfam PF03386 ENOD93 Domain 25 107 1.4e-41 141.0 Early nodulin 93 ENOD93 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943900.1
TTGGAGGGGAATTCAATTTGCAATTGGTCTAATCCAAAATTTACGACCGTGGGTCCCATCACCGAGCCGCCACGTCGACAAACAGACTATAAAAACGTGTAAGCGCATCGGATTGTTGTCTGCTAGTTTTCGAGCTCTAATTTGTAATCTCGCAGTTTTCAATTCGCATTTGAGAGAGAGAGAGGATTTGGAATCAAGGATTGAGGGAAATGGGGATTCCGTCAGAGTTGAGGGATTTGTATGCAAACCGCAAGAGTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015476
ATGGGGATTCCGTCAGAGTTGAGGGATTTGTATGCAAACCGCAAGAGTCCTCTGCTGATCCAATCTCCAGCGGAAGATGAGAAGATTCGTCGTTCAAGGCAGTGCACTCAAGAAGGTGTGCGTGCAGGAGCCAAAGCTGCTGCAGTTGCCTGTGTCGCCAGCGCCGTGCCCACTTTGATAGCTGTTCGAAAGATTCCTTGGGCGAAGGCGAATCTCAACTATACTGCGCAGGCACTCATTGTATCTGCTGCATCAATAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799883.1
MGIPSELRDLYANRKSPLLIQSPAEDEKIRRSRQCTQEGVRAGAKAAAVACVASAVPTLIAVRKIPWAKANLNYTAQALIVSAASIAAYFITADKTILECARRNTHYKPS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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