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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002330

染色体: Chr01 坐标: 40456293-40457039 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002330
名称SmilChr01G002330
描述oleosin Cor a 13-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向40456293 - 40457039 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015485
GeneID131015485
locus_tag-
NCBI NameLOC131015485
原始查询LOC131015485

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述oleosin Cor a 13-like
产物oleosin Cor a 13-like
ArabidopsisAT4G25140 (OLEO1)
oleosin 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828617]
identity=62.5; qcov=0.863; evalue=2.31e-43; confidence=medium
RiceOs04g0546500 (OLE16)
-
identity=62.6; qcov=0.77; evalue=5.8e-39; confidence=medium
GOGO:0005576 (extracellular region); GO:0012511 (monolayer-surrounded lipid storage body); GO:0016020 (membrane); GO:0019915 (lipid storage); GO:0019953 (sexual reproduction)
KEGG-
PfamPF01277 (Oleosin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015485

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057799891.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057799891.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057799891.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799891.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799891.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:40456469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:40456510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,D2
Chr1:40456521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B8
Chr1:40456559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B59,C33,C62,C78
Chr1:40456680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B138,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799891.1
139 aa
N
1
70
139
Oleosin
C
PF01277 Oleosin 17-129 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799891.1 Pfam PF01277 Oleosin Family 17 129 7.2e-46 155.3 Oleosin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943908.1
CTATACACACCCTACACTTTCTCCATCTCTCACCATCATCATCCAATGGCTCAGATCCAGCCCCGCCACGACCCCCAGCGGCACCAGCTCTCCCACCAGGTGGCCAAGACCACCACCGCCGTCACCCTCGGCGGCTCCCTCATGCTCCTCTCCGGCCTCACCCTCGCCGCCACCGTCATCGGCCTCGTGCTCGCCACCCCGCTGCTCGTCATATTCAGCCCCGTCCTCGTCCCCGCCGCCATCACCGTCTTCTTGATCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015485
ATGGCTCAGATCCAGCCCCGCCACGACCCCCAGCGGCACCAGCTCTCCCACCAGGTGGCCAAGACCACCACCGCCGTCACCCTCGGCGGCTCCCTCATGCTCCTCTCCGGCCTCACCCTCGCCGCCACCGTCATCGGCCTCGTGCTCGCCACCCCGCTGCTCGTCATATTCAGCCCCGTCCTCGTCCCCGCCGCCATCACCGTCTTCTTGATCCTCGCCGGCTTCATCACGTCCGGCGGCTTCGGGGCCGTGGCCAGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799891.1
MAQIQPRHDPQRHQLSHQVAKTTTAVTLGGSLMLLSGLTLAATVIGLVLATPLLVIFSPVLVPAAITVFLILAGFITSGGFGAVASFVFYWMYRYATGKHPIGADQIDSARDKIAHAAHDVKDKAEHYGQQHVKGAQGT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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