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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004680

染色体: Chr03 坐标: 64227198-64231327 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004680
名称SmilChr03G004680
描述guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64227198 - 64231327 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015517
GeneID131015517
locus_tag-
NCBI NameLOC131015517
原始查询LOC131015517

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
产物guanine nucleotide-binding protein alpha-1 subunit
ArabidopsisAT2G26300 (GP ALPHA 1)
G protein alpha subunit 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817170]
identity=82.8; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0333200 (D1)
-
identity=77.1; qcov=0.919; evalue=0; confidence=high
GOGO:0001664 (G protein-coupled receptor binding); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005834 (heterotrimeric G-protein complex); GO:0007188 (adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway); GO:0019001 (guanyl nucleotide binding); GO:0031683 (G-protein beta/gamma-subunit complex binding)
KEGG-
PfamPF00025 (Arf); PF00503 (G-alpha)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015517

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057799907.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057799907.1
3 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057799907.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057799907.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799907.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64227541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,D10
Chr3:64227563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr3:64227611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,C55,C58,C79
Chr3:64227651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,C32,C68,D2
Chr3:64228351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:64228652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C1
Chr3:64230730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B41,B8,C30,C4,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799907.1
394 aa
N
1
197
394
G-alpha
Arf
C
PF00503 G-alpha 30-382 aa PF00025 Arf 225-304 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799907.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 30 382 3.1e-105 352.7 G-protein alpha subunit
XP_057799907.1 Pfam PF00025 Arf Domain 225 304 1.9e-11 44.5 ADP-ribosylation factor family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943924.1
AACTGCCGGATCTATCAGATGGATTAAACCTACCACCAAACCCTCCTCACCTCCACTTCCTCCTTCCACGGCCGATCGCCGCCGCTCACCGCCGCCGCGGCCACCTCTACTTCCGCCGTGCCGCTGCTGGAAGCGCTGGTTTCTGCTCTATCCTCCGCCAGATCCACATCGCCGTTTGCTGACTTCAACATTTTGAACTAGGAGCTGATCCTGCTCGCCTCAATCCAACATTAGATCCACTCGCCGCCGCATCTCGCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015517
ATGGTGTTTGTATTGTGCACTTTAATAGACAGTATGGGATCACTATGCAGTAGACATCGGCAGAGTCCAGCTGATCCTGCGGAGAATGAGCAGACTGCGGAAATTGAAAGGCGAATTGAGCAGGAAACAAAGGCTGAGAAGCACATTCAGAAACTTCTGTTACTTGGTGCTGGAGATTCTGGAAAGTCCACCATTTTCAAGCAGATAAAACTTCTGTTTCAGAGCGGGTTTGATGAGGCTGAGCTGAAAGGCTATACTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799907.1
MVFVLCTLIDSMGSLCSRHRQSPADPAENEQTAEIERRIEQETKAEKHIQKLLLLGAGDSGKSTIFKQIKLLFQSGFDEAELKGYTPVIHANVYHTIKILYDGSKELAQSLEDSSKFIVSDENKEIGEKFSEIGGRLNYPRLTKEIAHEIGTLWRDNAIQETYVRGNELQLPDCAHFFMENLQRLSDIDYVPTKEDVLYARVRTTGVVEIQFSPVGENKKSGEVYRLFDVGGQKNERRKWIHLFEGVSAVIFCAAISEYD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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