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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000444

染色体: Chr01 坐标: 9018391-9018735 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000444
名称SmilChr01G000444
描述uncharacterized SmilChr01G000444
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向9018391 - 9018735 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015525
GeneID131015525
locus_tag-
NCBI NameLOC131015525
原始查询LOC131015525

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015525

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799953.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057799953.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799953.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799953.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799953.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:9018402 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 35 A11,A14,A19,A21,A7,B102,B109,B14,B20,B32,B40,B46,B53,B73,B93,B94,B99,C11,C16,C17,C20,C27,C3,C31,C33,C4,C41,C42,C51,C52,C56,C65,C69,C82,D7
Chr1:9018412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,B28,C11,C3,C83
Chr1:9018423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr1:9018433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B31,B4,D9
Chr1:9018441 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A9,B103,B107,B25,B31
Chr1:9018441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B103,B107,B25,B31
Chr1:9018457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B122,B58,B71
Chr1:9018465 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 17 A16,A19,A6,B108,B126,B27,B35,B80,C2,C20,C23,C70,C78,C81,C84,D4,D9
Chr1:9018493 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C76
Chr1:9018496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B56,B98,C48
Chr1:9018501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B3,B4,B41,B78
Chr1:9018511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943970.1
ATGGAGGACTTAGATGAGCTACACAACGAGGCGTACGAGAATGCGAGGATCTTCAAGGACAAAGTGAAGCGACTCCATGACCGCCGTATCTGCCATAAGAAGCTTTGCCCCGAGATGAAGGTACTCTTATTCAATTCTCGACTGAAGTTGTTCCCGGGTAAGCTGAAATCTCGATGTAGTGGTCCGTTTTTACTTAAGGAAGTGTTTGAGCATGGTGCCATTGAGCTATTCAATGAAAACACGAATGAGAGCTTCAGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015525
ATGGAGGACTTAGATGAGCTACACAACGAGGCGTACGAGAATGCGAGGATCTTCAAGGACAAAGTGAAGCGACTCCATGACCGCCGTATCTGCCATAAGAAGCTTTGCCCCGAGATGAAGGTACTCTTATTCAATTCTCGACTGAAGTTGTTCCCGGGTAAGCTGAAATCTCGATGTAGTGGTCCGTTTTTACTTAAGGAAGTGTTTGAGCATGGTGCCATTGAGCTATTCAATGAAAACACGAATGAGAGCTTCAGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799953.1
MEDLDELHNEAYENARIFKDKVKRLHDRRICHKKLCPEMKVLLFNSRLKLFPGKLKSRCSGPFLLKEVFEHGAIELFNENTNESFRVNGHRVKPYYEHQSSTMEVESHALHQPS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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