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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002333

染色体: Chr01 坐标: 40471842-40477253 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002333
名称SmilChr01G002333
描述ferredoxin C 2, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向40471842 - 40477253 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015532
GeneID131015532
locus_tag-
NCBI NameLOC131015532
原始查询LOC131015532

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ferredoxin C 2, chloroplastic
产物ferredoxin C 2%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G32550 (FdC2)
2Fe-2S ferredoxin-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840149]
identity=92.9; qcov=0.689; evalue=1.09e-86; confidence=high
RiceOs03g0685000 (OsFdC2)
-
identity=74; qcov=0.863; evalue=2.02e-87; confidence=high
GOGO:0009055 (electron transfer activity); GO:0022900 (electron transport chain); GO:0051537 (2 iron, 2 sulfur cluster binding)
KEGGsmil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00111 (Fer2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015532

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057799924.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057799924.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799924.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799924.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799924.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:40471984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B8
Chr1:40472564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:40472597 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B8
Chr1:40473656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr1:40476594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:40476663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B1,B35,B51,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799924.1
216 aa
N
1
108
216
Fer2
C
PF00111 Fer2 71-140 aa
XP_057799932.1
216 aa
N
1
108
216
Fer2
C
PF00111 Fer2 71-140 aa
XP_057799941.1
183 aa
N
1
92
183
Fer2
C
PF00111 Fer2 71-140 aa
XP_057799949.1
183 aa
N
1
92
183
Fer2
C
PF00111 Fer2 71-140 aa
XP_057799958.1
183 aa
N
1
92
183
Fer2
C
PF00111 Fer2 71-140 aa
XP_057799967.1
183 aa
N
1
92
183
Fer2
C
PF00111 Fer2 71-140 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799924.1 Pfam PF00111 Fer2 Domain 71 140 3.2e-14 53.3 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain
XP_057799932.1 Pfam PF00111 Fer2 Domain 71 140 3.2e-14 53.3 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain
XP_057799941.1 Pfam PF00111 Fer2 Domain 71 140 2.2e-14 53.8 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain
XP_057799949.1 Pfam PF00111 Fer2 Domain 71 140 2.2e-14 53.8 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain
XP_057799958.1 Pfam PF00111 Fer2 Domain 71 140 2.2e-14 53.8 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain
XP_057799967.1 Pfam PF00111 Fer2 Domain 71 140 2.2e-14 53.8 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943975.1
AATTAACCCTTGTATTATCCATTGAAAAGTAAATTGAGCTTGCCCCTCTACTTCTTGATTCTCCACCTTTCCATTCTATCCATCAAGAATCCAAACCTGCTTCTAACTATATCTTTTTGCAGAGGAAGAGAGAGAGAGTAGTGATGGACCTTCAAACTCCATGTTGTAATGCCTGTATGCTGATTAACAGAAAACCAGCTCCTCCTAAACTGTCATTTTCCAGAAACAACATCAGCATACCAAAATACCGATGTAAAACT...
XM_057943958.1
AATTAACCCTTGTATTATCCATTGAAAAGTAAATTGAGCTTGCCCCTCTACTTCTTGATTCTCCACCTTTCCATTCTATCCATCAAGAATCCAAACCTGCTTCTAACTATATCTTTTTGCAGCAGAGGAAGAGAGAGAGAGTAGTGATGGACCTTCAAACTCCATGTTGTAATGCCTGTATGCTGATTAACAGAAAACCAGCTCCTCCTAAACTGTCATTTTCCAGAAACAACATCAGCATACCAAAATACCGATGTAAA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131015532
ATGGACCTTCAAACTCCATGTTGTAATGCCTGTATGCTGATTAACAGAAAACCAGCTCCTCCTAAACTGTCATTTTCCAGAAACAACATCAGCATACCAAAATACCGATGTAAAACTGTGTCAGAGCTCCAATCAACAGCCTCTGTTAACGGGGGCGCACGCCCCTCTTCGGTTCCATCGCACAAAGTCACCGTACACGACCGTCAGCGCGGCGTCGTCCACGAATTTTATGTCCCTGAGGACCAATATATCTTGCACAC...
LOC131015532
ATGGACCTTCAAACTCCATGTTGTAATGCCTGTATGCTGATTAACAGAAAACCAGCTCCTCCTAAACTGTCATTTTCCAGAAACAACATCAGCATACCAAAATACCGATGTAAAACTGTGTCAGAGCTCCAATCAACAGCCTCTGTTAACGGGGGCGCACGCCCCTCTTCGGTTCCATCGCACAAAGTCACCGTACACGACCGTCAGCGCGGCGTCGTCCACGAATTTTATGTCCCTGAGGACCAATATATCTTGCACAC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057799924.1
MDLQTPCCNACMLINRKPAPPKLSFSRNNISIPKYRCKTVSELQSTASVNGGARPSSVPSHKVTVHDRQRGVVHEFYVPEDQYILHTAEDQDIKLPFACRHGCCTSCAVRIKSGELKQPEALGISAELKSQGYALLCVGFPSSDLEVETQDEDEVVYYMHLKTYFCILVAPLFVKISITWKTSTCSYNFYFSSGLLLLGFPTGFLMFEKLLSTLYT
XP_057799932.1
MDLQTPCCNACMLINRKPAPPKLSFSRNNISIPKYRCKTVSELQSTASVNGGARPSSVPSHKVTVHDRQRGVVHEFYVPEDQYILHTAEDQDIKLPFACRHGCCTSCAVRIKSGELKQPEALGISAELKSQGYALLCVGFPSSDLEVETQDEDEVVYYMHLKTYFCILVAPLFVKISITWKTSTCSYNFYFSSGLLLLGFPTGFLMFEKLLSTLYT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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