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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004717

染色体: Chr03 坐标: 64408633-64411937 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004717
名称SmilChr03G004717
描述UDP-N-acetylglucosamine transporter UGNT1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64408633 - 64411937 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015557
GeneID131015557
locus_tag-
NCBI NameLOC131015557
原始查询LOC131015557

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-N-acetylglucosamine transporter UGNT1-like
产物UDP-N-acetylglucosamine transporter UGNT1-like
ArabidopsisAT4G32272 (AT4G32272)
Nucleotide/sugar transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5008177]
identity=62.5; qcov=0.931; evalue=1.06e-109; confidence=high
RiceOs02g0614100 (BC14)
-
identity=58; qcov=0.927; evalue=2.99e-101; confidence=high
GOGO:0005457 (GDP-fucose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF03151 (TPT); PF08449 (UAA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015557

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057799962.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799962.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799962.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799962.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057799962.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64408952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr3:64408965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B12,B135,B33,B94
Chr3:64408989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B41,C24
Chr3:64409915 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr3:64410256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:64410303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:64410572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C8
Chr3:64410687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:64410861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:64411549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B84,B96,D9
Chr3:64411562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799962.1
342 aa
N
1
171
342
TPT
UAA
C
PF03151 TPT 38-309 aa PF08449 UAA 45-310 aa
XP_057799963.1
340 aa
N
1
170
340
TPT
UAA
C
PF03151 TPT 38-332 aa PF08449 UAA 45-335 aa
XP_057799964.1
275 aa
N
1
138
275
TPT
C
PF03151 TPT 38-204 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799962.1 Pfam PF03151 TPT Family 38 309 1.8e-07 31.5 Triose-phosphate Transporter family
XP_057799962.1 Pfam PF08449 UAA Family 45 310 1.1e-07 32.0 UAA transporter family
XP_057799963.1 Pfam PF03151 TPT Family 38 332 1.6e-08 35.0 Triose-phosphate Transporter family
XP_057799963.1 Pfam PF08449 UAA Family 45 335 1e-09 38.7 UAA transporter family
XP_057799964.1 Pfam PF03151 TPT Family 38 204 4.9e-08 33.4 Triose-phosphate Transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943979.1
GATAATATAACAAAAAATGTAATACCGTTACTATGCTATCTCATTTCATGAACTCCTTCCCGCCAGCTTATTTTTTTTTATTAGATTACGATTAAATCTCTTCCCTTTTTCGCATCAGATTATTGCATAATCAGATTCCAAAATGCAGATCACAATGAGTTTAATGCAGATTACGACACTACATAAATATTGACCCACATTTTTCTCAAAACCGATTACAGTTGAAGCAACTGCTATATCACTGTGCATCAAGTTTGAGA...
XM_057943980.1
AATATAACAAAAAATGTAATACCGTTACTATGCTATCTCATTTCATGAACTCCTTCCCGCCAGCTTATTTTTTTTTATTAGATTACGATTAAATCTCTTCCCTTTTTCGCATCAGATTATTGCATAATCAGATTCCAAAATGCAGATCACAATGAGTTTAATGCAGATTACGACACTACATAAATATTGACCCACATTTTTCTCAAAACCGATTACAGTTGAAGCAACTGCTATATCACTGTGCATCAAGTTTGAGACGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015557
ATGGCGACGAATTCGATGAGCGGCGCCGCCCTGCTGCCGATCGCCGTGACTGATTCAGCGGCGGAAGCGGACGAGAAGCAGTTGAAGGCCTCCGCCATCTCTAAGGCCGGCGCCTATGCCGCCATCTCTTATATGGCTTGCGCCGTGCTCTTGGTGATGTTCAATAAAGCTGCTCTTTCTTCATACAGCTTCCCTTGTGCTAATGTGATTACCCTTTGCCAGATGGCATCTTCATGCTGTTTTCTCTACGCACTAAGGCG...
LOC131015557
ATGGCGACGAATTCGATGAGCGGCGCCGCCCTGCTGCCGATCGCCGTGACTGATTCAGCGGCGGAAGCGGACGAGAAGCAGTTGAAGGCCTCCGCCATCTCTAAGGCCGGCGCCTATGCCGCCATCTCTTATATGGCTTGCGCCGTGCTCTTGGTGATGTTCAATAAAGCTGCTCTTTCTTCATACAGCTTCCCTTGTGCTAATGTGATTACCCTTTGCCAGATGGCATCTTCATGCTGTTTTCTCTACGCACTAAGGCG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057799962.1
MATNSMSGAALLPIAVTDSAAEADEKQLKASAISKAGAYAAISYMACAVLLVMFNKAALSSYSFPCANVITLCQMASSCCFLYALRRLKLISFSANESGGLTDNLVSMKTLISTSPVSLTYLFYMLASMEAVRGVNVPMYTTIRRTTVIFTMIIEFVFVGQRYSRPVLGSVSLILLGAFVAGAHDMAFDPHGYLVVVLANISTAVYLTTIARIGKSSGLNSFGLMWCNGILCGPVLLVWTFVQGDIETTMNFRYLLSPGF...
XP_057799963.1
MATNSMSGAALLPIAVTDSAAEADEKQLKASAISKAGAYAAISYMACAVLLVMFNKAALSSYSFPCANVITLCQMASSCCFLYALRRLKLISFSANESGGLTDNLVSMKTLISTSPVSLTYLFYMLASMEAVRGVNVPMYTTIRRTTVIFTMIIEFVFVGQRYSRPVLGSVSLILLGAFVAGAHDMAFDPHGYLVVVLANISTAVYLTTIARIGKSSGLNSFGLMWCNGILCGPVLLVWTFVQGDIETTMNFRYLLSPGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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