Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004737

染色体: Chr03 坐标: 64495204-64502947 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004737
名称SmilChr03G004737
描述calcium uptake protein, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64495204 - 64502947 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015577
GeneID131015577
locus_tag-
NCBI NameLOC131015577
原始查询LOC131015577

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium uptake protein, mitochondrial
产物calcium uptake protein%2C mitochondrial
ArabidopsisAT4G32060 (AT4G32060)
calcium-binding EF hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829337]
identity=64.8; qcov=0.983; evalue=7.03e-168; confidence=high
RiceOs02g0613000
-
identity=66.5; qcov=0.972; evalue=7.88e-171; confidence=high
GOGO:0005509 (calcium ion binding); GO:0036444 (calcium import into the mitochondrion); GO:0051560 (mitochondrial calcium ion homeostasis); GO:1990246 (uniplex complex)
KEGG-
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015577

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057799994.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057799994.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057799994.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057799995.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057799995.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64495972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr3:64496023 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B34,B4,B93,C40,C43,C6
Chr3:64496098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr3:64496138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B17,C2,C23,C24
Chr3:64496692 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A22,A4,B110,C48,D8
Chr3:64496692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,A4,B110,C48,D8
Chr3:64497350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B34,B93,C43,C6
Chr3:64497441 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C76
Chr3:64497441 CAT C 2bp_deletion CDS_variant 1 C76
Chr3:64497462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,C31,C70
Chr3:64498201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr3:64498331 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799994.1
483 aa
N
1
242
483
EF-hand_7
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_6
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_8
EF-hand_5
C
PF13499 EF-hand_7 196-252 aa PF13202 EF-hand_5 197-214 aa PF13833 EF-hand_8 222-251 aa PF13405 EF-hand_6 229-253 aa PF13202 EF-hand_5 230-251 aa PF00036 EF-hand_1 230-253 aa PF13833 EF-hand_8 397-447 aa PF13202 EF-hand_5 424-445 aa
XP_057799995.1
353 aa
N
1
176
353
EF-hand_7
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_5
C
PF13499 EF-hand_7 66-122 aa PF13202 EF-hand_5 67-84 aa PF13833 EF-hand_8 92-121 aa PF00036 EF-hand_1 99-123 aa PF13405 EF-hand_6 99-123 aa PF13202 EF-hand_5 100-121 aa PF13833 EF-hand_8 267-317 aa PF13202 EF-hand_5 294-315 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799994.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 196 252 6.7e-17 62.3 EF-hand domain pair
XP_057799994.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 197 214 1.5e-16 59.7 EF hand
XP_057799994.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 222 251 1.3e-18 67.2 EF-hand domain pair
XP_057799994.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 229 253 5.6e-19 66.7 EF-hand domain
XP_057799994.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 230 251 1.5e-16 59.7 EF hand
XP_057799994.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 230 253 8.2e-21 72.7 EF hand domain
XP_057799994.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 397 447 1.3e-18 67.2 EF-hand domain pair
XP_057799994.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 424 445 1.5e-16 59.7 EF hand
XP_057799995.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 66 122 8.2e-18 65.2 EF-hand domain pair
XP_057799995.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 67 84 3e-17 61.9 EF hand
XP_057799995.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 92 121 4.9e-19 68.5 EF-hand domain pair
XP_057799995.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 99 123 8.8e-22 75.7 EF hand domain
XP_057799995.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 99 123 5e-20 70.0 EF-hand domain
XP_057799995.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 100 121 3e-17 61.9 EF hand
XP_057799995.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 267 317 4.9e-19 68.5 EF-hand domain pair
XP_057799995.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 294 315 3e-17 61.9 EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944012.1
TCACTCCTTTTCTTCTTCTCCGCCGCAATTATCCTTCGCTGAATGCTCGGCTCCAGCCGCCGCCACTACATCAACAGCCGTTTCACACTGGTCACCAGCTCAAAAAAATAGTCAATCTAAATTTTTCTTCGGAGAGGCATATAGAAGGAAGATATTCTTTAATTATGAGAAACGCATTAGAATGCGGAGTCCTCCTGAGAAGGTGTTTGAATATTTTGCTTCCATTCGTGCCGATGATGGAGAAGTTTTTATGACACCAG...
XM_057944011.1
ATTGAGTTACGGAAACACGACTTACTACTGTGGCATCTTATTAGCGACTTTAGCGGCAGCTATTTTAGACGTTTACGCAAAATTTCAACAAATTGGATAAGAATTATGTCTGCTTGGTCAGCTCTCCGCCGATCTTCCCCGCTGACCAACCGCATCTCCGGCGTTCAGCGCTTCCATTTCCGTCAATTCTCCGCCGCCGAACCAACTCCTGAATCTGCTCAGTTTCAGAAGAATCCTGGAGATGATCGAAAGATCAATTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131015577
ATGTCTGCTTGGTCAGCTCTCCGCCGATCTTCCCCGCTGACCAACCGCATCTCCGGCGTTCAGCGCTTCCATTTCCGTCAATTCTCCGCCGCCGAACCAACTCCTGAATCTGCTCAGTTTCAGAAGAATCCTGGAGATGATCGAAAGATCAATTTGCTAGGATGGATTTCGGCCGGGGTTGTTACCAGCTCCGCCGTCGCCCTTTCTCTTCACTCCTTTTCTTCTTCTCCGCCGCAATTATCCTTCGCTGAATGCTCGGC...
LOC131015577
ATGCGGAGTCCTCCTGAGAAGGTGTTTGAATATTTTGCTTCCATTCGTGCCGATGATGGAGAAGTTTTTATGACACCAGCTGATCTGATGCGAGCACTTGTTCCTGTATTTCCTCCCTCTGAATCTAACCTTGTAAGAGATGGATATCTCAGAGGGGAAAGGCGTCCGGGTGAATTGCATTGTGCGCCATCAAACTTTTTTATGCTTTTTGACACAAATAGCGATGGTCTAATATCATTCAAAGAGTACTTATTCTTTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057799994.1
MSAWSALRRSSPLTNRISGVQRFHFRQFSAAEPTPESAQFQKNPGDDRKINLLGWISAGVVTSSAVALSLHSFSSSPPQLSFAECSAPAASTTSTAVSQWSPAQKNSQSKFFFGEAYRRKIFFNYEKRIRMRSPPEKVFEYFASIRADDGEVFMTPADLMRALVPVFPPSESNLVRDGYLRGERRPGELHCAPSNFFMLFDTNSDGLISFKEYLFFVTLLSIPESSFSVAFKMFDLDCNGKIDREEFKKVMTLMRAHNRQ...
XP_057799995.1
MRSPPEKVFEYFASIRADDGEVFMTPADLMRALVPVFPPSESNLVRDGYLRGERRPGELHCAPSNFFMLFDTNSDGLISFKEYLFFVTLLSIPESSFSVAFKMFDLDCNGKIDREEFKKVMTLMRAHNRQGAVQCTGLRAGHKLHGSLENGGLLEYFFGKNGKDLLEHDVFVQFLRNLHDEMVQLEFAHYDYKLRGTISAKDFALSMVASADLKHLSKLLDRVDDLDNQPNIHNIRITPEEFKSFAEIRRKLQPFSLALF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器