Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004734`

染色体: Chr03 坐标: 64485194-64487468 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004734`
名称	SmilChr03G004734
描述	probable anion transporter 5
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	64485194 - 64487468 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015579`
GeneID	`131015579`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015579`
原始查询	`LOC131015579`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable anion transporter 5
产物	probable anion transporter 5
Arabidopsis	`AT5G44370` (PHT4;6) phosphate transporter 4;6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834463] identity=74.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0180100` (OsPT26) probable anion transporter 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4351670] identity=69.4; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015579

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secretory vesicle	Secretory vesicle	0.40000	`XP_057799996.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057799996.1`
3	Vesicle	囊泡	0.40000	`XP_057799996.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057799996.1`
5	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057799996.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:64485539`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,B34,B4,C43,C6
`Chr3:64485612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr3:64485621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr3:64485644`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,C49
`Chr3:64485645`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:64485646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B120,B76
`Chr3:64486073`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr3:64486154`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr3:64486218`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr3:64486316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B66
`Chr3:64486365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr3:64486489`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799996.1

433 aa

216

433

MFS_1

Sugar_tr

PF07690 MFS_1 18-380 aa PF00083 Sugar_tr 40-186 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799996.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	18	380	1.2e-47	163.2	Major Facilitator Superfamily
`XP_057799996.1`	Pfam	`PF00083`	Sugar_tr	Family	40	186	5.9e-07	29.4	Sugar (and other) transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944013.1
ATACATGATCAGAAAATTGTGGTGGAACTATAAGATTTCATAAATTTTGTGGTAATTATTTGAGGCCCAAATGTGTTTCAAAGCCCAAATCATTTGAGGCGAGTAATTAAGTAAAGAATAATAATGTTTCAAAGCACGATTGTTTGATAGGATTGCGACGTCGTAAATAAAGTGTCAGTTGACTTGGTGCTCTAAATATCTGTGAACAAGATTTCAACTTTGATGATTTTTTATTTTTTTTTAGAAGTTCAACTTCGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015579
ATGAAGATGGCATCATCTCTACCTAGGCGCTACCTCATTGTGCTGTTGACCTTCATCTGCACTTGTGTGTGCTACATCGAACGGGTGGGCTTCTCCATCGCCTACACCGCCGCCGCCGACGCCGCCGGAGCCACCCAGTCGAGCAAGGGCCTCATCCTCTCCACCTTCTACTACGGCTACGCCTGCTCCCAAGTCCCCGGCGGCTGGGCGGCTCAGAGGCTCGGGGGCCGGCGTATCCTCCTCCTCTCCTTCCTCCTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799996.1
MKMASSLPRRYLIVLLTFICTCVCYIERVGFSIAYTAAADAAGATQSSKGLILSTFYYGYACSQVPGGWAAQRLGGRRILLLSFLLWSLASAFVPLDPGRVALTVLARLLVGVAQGFIFPAIHTVLAQWVPPPERSRSVSLTTSGMYLGAALGTLVLPGLVKSRGPQSVFVTEAALGLIWSLLWFAYATDPPRSDHPKAAAAGFGEPSSLPSTNLVGSNRIPWRKIMVSLPIWAIVVNNFTFHYALYVLMNWLPTYFELG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器