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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004740

染色体: Chr03 坐标: 64530454-64539570 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004740
名称SmilChr03G004740
描述uncharacterized SmilChr03G004740
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64530454 - 64539570 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015587
GeneID131015587
locus_tag-
NCBI NameLOC131015587
原始查询LOC131015587

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsSET37; symbol=OsSET37; hit=Os09g0556700; species=rice; confidence=weak
产物OsSET37; symbol=OsSET37; hit=Os09g0556700; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT3G61740 (SDG14)
SET domain protein 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825347]
identity=46.9; qcov=0.092; evalue=6.15e-32; confidence=weak
RiceOs09g0556700 (OsSET37)
-
identity=60.1; qcov=0.173; evalue=1.21e-96; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0035097 (histone methyltransferase complex); GO:0042800 (histone H3K4 methyltransferase activity); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription); GO:0051568 (GO:0051568)
KEGG-
PfamPF00856 (SET); PF16135 (TDBD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015587

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800002.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057800004.1
3 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057800004.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800002.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800002.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64531441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr3:64531456 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr3:64531475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr3:64531485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:64531898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr3:64532417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr3:64532856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,D7
Chr3:64532988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,B97
Chr3:64533111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr3:64533152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr3:64533169 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B33
Chr3:64533169 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 1 B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800002.1
1841 aa
N
1
920
1841
TDBD
SET
C
PF16135 TDBD 254-303 aa PF00856 SET 1708-1816 aa
XP_057800003.1
1840 aa
N
1
920
1840
TDBD
SET
C
PF16135 TDBD 254-303 aa PF00856 SET 1707-1815 aa
XP_057800004.1
1551 aa
N
1
776
1551
SET
C
PF00856 SET 1418-1526 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800002.1 Pfam PF16135 TDBD Domain 254 303 1.4e-13 51.4 Tify domain binding domain
XP_057800002.1 Pfam PF00856 SET Family 1708 1816 2.2e-26 93.1 SET domain
XP_057800003.1 Pfam PF16135 TDBD Domain 254 303 1.4e-13 51.4 Tify domain binding domain
XP_057800003.1 Pfam PF00856 SET Family 1707 1815 2.2e-26 93.1 SET domain
XP_057800004.1 Pfam PF00856 SET Family 1418 1526 1.2e-26 93.9 SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098574.1
ACCACTCGCGCCATAAGCCTCTCATCTCATCCAACGGTCACGATCTTTTAGTGCCGCGCACGCGTCATCATCCAACAGCTTTCTTCACATATGCATTTCTCGCTCTCTATCAGACTATCCCATCATCACTATCTCTCTCTCTGCTTTTGTTTCTATGGAATGTATGTATATCTCTGTATCTATTCCTCCGGCGTTCTTTCTCTCTCACTACGCAGCCTCCTCCTCCTCTCTCCTTGCTCTCACCTCCGCTTAGCGTGTTT...
XM_057944020.1
GCCTCTCATCTCATCCAACGGTCACGATCTTTTAGTGCCGCGCACGCGTCATCATCCAACAGCTTTCTTCACATATGCATTTCTCGCTCTCTATCAGACTATCCCATCATCACTATCTCTCTCTCTGCTTTTGTTTCTATGGAATGTATGTATATCTCTGTATCTATTCCTCCGGCGTTCTTTCTCTCTCACTACGCAGCCTCCTCCTCCTCTCTCCTTGCTCTCACCTCCGCTTAGCGTGTTTTGCGGCATTAATGGAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015587
ATGGAACACTCGAGGAAACTTGGATCGTCGTGGCGGCAGCCCAACCTTCCTCCGCCTGCTCCGCCGCCCTCTGCATTGCTTGATTCTCATGCGCAGCTCTCTAATGCAGATTATCGTCTTTATATGCAATTTCTGCAAGAATCAATGTCATTAACTGGTGGAATGACTCGGGATCATATGTCATCTGACATGCATGGTCTCGACAACTTGGGCCATGCTGAGCTTGGAGCTTCATTCTTATCTCTTATATCAGGTCCAAC...
LOC131015587
ATGGAACACTCGAGGAAACTTGGATCGTCGTGGCGGCAGCCCAACCTTCCTCCGCCTGCTCCGCCGCCCTCTGCATTGCTTGATTCTCATGCGCAGCTCTCTAATGCAGATTATCGTCTTTATATGCAATTTCTGCAAGAATCAATGTCATTAACTGGTGGAATGACTCGGGATCATATGTCATCTGACATGCATGGTCTCGACAACTTGGGCCATGCTGAGCTTGGAGCTTCATTCTTATCTCTTATATCAGGTCCAAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057800002.1
MEHSRKLGSSWRQPNLPPPAPPPSALLDSHAQLSNADYRLYMQFLQESMSLTGGMTRDHMSSDMHGLDNLGHAELGASFLSLISGPTAHVPCDQQQLLDPNTVPVSNLLPPSRRTAHGCSGGSRVSVRPAVSWPHKLDLPSLTSGEIFPPFTLSAANANCSNNSEILQAAILDVQKSQIVACQSSHEKDKVNCFYPPTGSNTSTKKLEKYSHITPSQKIPVDNNASACCPRFNPSNSFFRVSCSGISGSLLLSDIGLLGV...
XP_057800003.1
MEHSRKLGSSWRQPNLPPPAPPPSALLDSHAQLSNADYRLYMQFLQESMSLTGGMTRDHMSSDMHGLDNLGHAELGASFLSLISGPTAHVPCDQQQLLDPNTVPVSNLLPPSRRTAHGCSGGSRVSVRPAVSWPHKLDLPSLTSGEIFPPFTLSAANANCSNNSEILQAAILDVQKSQIVACQSSHEKDKVNCFYPPTGSNTSTKKLEKYSHITPSQKIPVDNNASACCPRFNPSNSFFRVSCSGISGSLLLSDIGLLGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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