Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004741`

染色体: Chr03 坐标: 64539766-64542821 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004741`
名称	SmilChr03G004741
描述	hydroxyproline O-arabinosyltransferase 1
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	64539766 - 64542821 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015589`
GeneID	`131015589`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015589`
原始查询	`LOC131015589`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hydroxyproline O-arabinosyltransferase 1
产物	hydroxyproline O-arabinosyltransferase 1
Arabidopsis	`AT5G25265` (AT5G25265) Hyp O-arabinosyltransferase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832598] identity=85; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0180000` - identity=77.2; qcov=1; evalue=3.99e-172; confidence=high
GO	GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG	smil00514 (Other types of O-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF23452 (HPAT); PF28609 (HPAT_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057800006.1`
2	Endoplasmic reticulum lumen	内质网腔	0.60000	`XP_057800006.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.60000	`XP_057800006.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057800006.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800006.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:64540104`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr3:64540117`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr3:64540274`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B120,B37,B91,C31
`Chr3:64540281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr3:64540526`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr3:64541139`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B33
`Chr3:64541139`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B33
`Chr3:64541499`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,D11
`Chr3:64541512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B78
`Chr3:64541997`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,C78
`Chr3:64542084`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800006.1

310 aa

155

310

HPAT

HPAT_C

PF23452 HPAT 15-219 aa PF28609 HPAT_C 240-308 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800006.1`	Pfam	`PF23452`	HPAT	Domain	15	219	1.2e-90	304.0	Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family N-terminal domain
`XP_057800006.1`	Pfam	`PF28609`	HPAT_C	Domain	240	308	8.7e-31	106.3	Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944023.1
TATTAAAGTTTGCCTCTTTCTTTTGTGTAACTTAGATGATATGTATTTAGGTGGAGTTGCACTTGCTATTCTATTCTAAACTTCTTCTCTTAGAAATACATGTTGGCGTTGTCTTGTACATTCTTGTAAATTTGTATACTAATTAATGTCTCATTGCCAACAAACCTTTTCTTGTTCTTGATTTCAACTTGCAATCCTCTCAAAAGAAACATTTAAACTTGCAATATTTGAGTTTTGACAAAATAGGTAGCAATACAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015589
ATGCCCACCGCCACGGCCGCCTCCAAGAAGCCGAGACGCCTCTTCCACACCGCCGTCACCGCCTCCGACTCGATCTACAACACCTGGCAGTGCAGGGTGATGTACTACTGGTTCAAGCAGCAGAAATTACGCCACCCCGATTCCGACATGGGCGGCTACACCCGCATCCTCCATTCCGGCAAGCCCGATCGATTCATGGATGAGATTCCCACCTTCGTCGCTCAGCCCCTCCCCGATGGAATGGACCAGGGCTACATTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800006.1
MPTATAASKKPRRLFHTAVTASDSIYNTWQCRVMYYWFKQQKLRHPDSDMGGYTRILHSGKPDRFMDEIPTFVAQPLPDGMDQGYIVLNRPWAFVQWLQQANIEEDYILMSEPDHILVKPIPNLSRDGLGAAFPFFYIEPKKYEKVLRKFFPEDRGPITNIDPIGNSPVIVGKDALKKIAPTWMNVSLAMKKDPEADKAFGWVLEMYAYAVASAFHGVGNILYKEFMIQPPWDTAIGKSYIIHYTYGCDYDLQGKMTYGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器